DrugBank

DrugBank – ogólnodostępna i bezpłatna baza informacji o lekach, utworzona w 2006 roku przez zespół Craiga Knoxa i Davida Wisharta z Wydziału Informatyki i Nauk Biologicznych Uniwersytetu Alberty w Kanadzie. Łączy dane z dziedziny chemii, biochemii, genetyki, farmakologii i farmakokinetyki.

Baza zawiera informacje o prawie 4800 lekach, w tym:

• ponad 1350 małocząsteczkowych leków dopuszczonych przez FDA,
• 123 leki biologiczne (białka/peptydy) zatwierdzone przez FDA,
• 71 nutraceutyków,
• ponad 3243 substancji eksperymentalnych.

Ponadto w bazie znajduje się ponad 2500 sekwencji białek będącymi celami biologicznymi leków.

Informacje w bazie DrugBank pochodzą głównie z 29 innych serwisów internetowych. Część informacji pochodzi z publikacji i podręczników.

Budowa bazy

Leki w bazie podzielone są na kategorie:

• Approved – leki zaaprobowane przez FDA, o udowodnionej skuteczności działania,
• Biotech – leki otrzymywane metodami biotechnologicznymi (białka i peptydy),
• Small Molecule – leki niebędące polimerami lub kopolimerami,
• Nutraceutical – suplementy diety w formie farmaceutycznej,
• Experimental – leki stosowane w badaniach eksperymentalnych,
• Withdraw – leki wycofane z użycia w Kanadzie,
• Illicit – substancje nielegalne lub których użycie jest ściśle kontrolowane w Kanadzie.

Informacje o lekach zebrane są w postaci karty leku (ang. DrugCard). Każda substancja posiada oddzielną kartę z przypisanym unikatowym identyfikatorem w formacie DBnumerkarty, np. DB00203 (Sildenafil). Karta leku zawiera 103 pola, podzielone na trzy części:

• Drug Field (kolor niebieski) – pola dotyczące danego leku,
• Target Field (kolor czerwony) – pola dotyczące białka docelowego,
• Enzyme Field (kolor zielony) – pola dotyczące enzymu metabolizującego lek.

DrugBank umożliwia ściągnięcie:

• sekwencji białek/genów w formacie FASTA,
• wzorów strukturalnych wszystkich leków w formacie SDF,
• wszystkich kart leków w jednym pliku tekstowym (o rozmiarze około 85 MB).

Wyszukiwanie informacji

DrugBank pozwala na wyszukiwanie informacji na cztery sposoby:

1. Wyszukiwarka – wyszukiwanie poprzez podstawowe pola wyszukiwania znajdujące się na każdej podstronie serwisu lub cztery podtypy wyszukiwania, znajdujące się w zakładce Search:
   • ChemQuery – zawiera cztery możliwości wyszukiwania:
     • Structure – narzędzie pozwalające wyszukać narysowany dwuwymiarowy wzór strukturalny,
     • Molecular Weight – filtr substancji w granicach podanych mas atomowych i typu leków,
     • SMILES – wyszukiwanie na podstawie wpisanego kodu SMILES,
     • Chemical Formula – wyszukiwanie substancji na podstawie wpisanego wzoru chemicznego.
   • TextQuery – wyszukiwanie tekstowe z możliwością zastosowania operatorów oraz kilkudziesięciu komend,
   • Sequence Search – wyszukiwanie na podstawie sekwencji w formacie FASTA oraz parametrów algorytmu BLAST,
   • Data Extractor – narzędzie pozwalające na konstruowanie zapytań i wybieranie różnych sposobów wyświetlania informacji.
2. DrugBank Browse – przeglądarka wszystkich leków zestawionych w tabeli i uszeregowanych według identyfikatora.
3. Pharma Browse – przeglądarka, w której leki uszeregowane są według grup farmakologicznych w postaci listy.
4. Geno Browse – przeglądarka łącząca efekt stosowania leku z konkretnym allelem genu.

Bibliografia

• David S.D.S. Wishart David S.D.S. i inni, DrugBank: a knowledgebase for drugs, drug actions and drug targets, „Nucleic Acids Research”, 36, 2008, s. D901–D906, DOI: 10.1093/nar/gkm958, PMID: 18048412  (ang.).
• David S.D.S. Wishart David S.D.S. i inni, DrugBank: a comprehensive resource for in silico drug discovery and exploration, „Nucleic Acids Research”, 34, 2006, D668–D672, DOI: 10.1093/nar/gkj067, PMID: 16381955  (ang.).

Linki zewnętrzne

• Strona internetowa DrugBank [online]  (ang.).strona główna serwisu