FastPCR
FastPCR – pakiet zintegrowanych narzędzi bioinformatycznych wykorzystywanych do projektowania starterów RNA, sond molekularnych oraz oligonukleotydów używanych do łączenia fragmentów DNA w metodzie PCA. Program pozwala także na przeprowadzanie in silico PCR i analizę sekwencji, w tym ich dopasowania oraz wyszukiwanie różnych typów elementów repetytywnych.
| |
| Autor | PrimerDigital |
|---|---|
| Pierwsze wydanie | 2017 |
| Aktualna wersja stabilna | 6.6.1 |
| Platforma sprzętowa | PC |
| System operacyjny | Microsoft Windows, Linux (Wine) |
| Rodzaj | Program bioinformatyczny |
| Licencja | shareware |
| Strona internetowa | |
Podstawowe cechy programu edytuj
FastPCR jest przeznaczony do analizy sekwencji kwasów nukleinowych oraz projektowania starterów i sond molekularnych wykorzystwanych w szeregu technik biologii molekularnej. Dotyczy to różnych modyfikacji techniki PCR (inverse PCR, multiplex PCR, overlap extension PCR, real-time PCR, polymerase cycling assembly (PCA)), jak i technik bazujących na sondach molekularnych, w tym w doświadczeniach z mikromacierzami oraz sond typu molecular beacon.
- Sekwencja zaprojektowanych oligonukleotydów sprawdzana jest pod kątem temperatury topnienia oraz skłonności do tworzenia struktur drugorzędowych typu spinki do włosów, dimerów i G-kwadrupleksów. W przypadku dłuższych oligonukleotydów możliwe jest sprawdzenie złożoności językowej (ang. linguistic sequence complexity). Temperatura topnienia obliczana jest według metody najbliższego sąsiada.
- Opcja in silico PCR pozwala przewidywać możliwość powstania niespecyficznych produktów PCR, przewidywać potencjalne miejsca przyłączenia sond oraz opracować optymalną temperaturę annealingu w reakcji PCR.
- FastPCR umożliwia identyfikację różnych typów elementów repetytywnych, w tym powtórzeń prostych i odwróconych, obecności elementów strukturalnych transpozonów, takich jak LTR i TIR, a także obecność "samosterujących" endonukleaz (ang. homing endonuclease).
- Program pozwala na analizę sekwencji pod kątem procentowej zawartości par GC w stosunku do par AT, oraz modyfikacji tego parametru w postaci proporcji par AT względem par GT, proporcji puryn względem pirymidyn, lub pirymidyn względem puryn. Dostępne opcje uwzględniają także analizę złożoności językowej, analizę obecności miejsc restrykcyjnych oraz tworzenie losowych sekwencji.
Bibliografia edytuj
R. Kalendar, D. Lee, AH. Schulman. Java web tools for PCR, in silico PCR, and oligonucleotide assembly and analysis. „Genomics”. 98 (2), s. 137-144, 2011. DOI: 10.1016/j.ygeno.2011.04.009. PMID: 21569836.- Kalendar R, Lee D, Schulman AH. FastPCR Software for PCR Primer and Probe Design and Repeat Search. „Genes, Genomes and Genomics”. 3 (1), s. 1-14, 2009.
