Klub utworzono 12 czerwca 1910 roku pod nazwą Prins Hendrik Ende Desespereert Nimmer Combinatie (PH EDN Combinatie), na skutek połączenia amatorskich zespołów - jednego, który powstał na cześć Henryka, holenderskiego księcia-małżonka królowej Wilhelminy oraz drugiego, którego nazwa brzmiała: Ende Desespereert Nimmer (pl. Nigdy nie trać nadziei). Status klubu profesjonalnego uzyskał natomiast dopiero 23 lutego 1955 r. W 1971 r. zmieniono nazwę na PEC Zwolle, w 1982 na PEC Zwolle '82, w 1990 na FC Zwolle, zaś w 2012 zdecydowano się na powrót do historycznej nazwy PEC Zwolle.
Od początku swojego istnienia PEC rozegrał 13 sezonów w Eredivisie (z sezonem 2013/14 włącznie). Najlepszym osiągnięciem drużyny z IJsseldeltastadion jest 9. miejsce zajęte w sezonie 1980/81).
W sezonie 2013/2014 klub pierwszy raz w historii sięgnął po puchar Holandii gromiąc AFC Ajax aż 5:1.
Adriaan Visser
Sparta Praga