Panetolikos został założony w 1926. W latach klub 1962-1975 (z jednosezonową przerwą) występował w Beta Ethniki. W 1975 klub po raz pierwszy awansował do Alpha Ethniki. Pobyt w greckiej ekstraklasie trwał tylko sezon, podobnie jak w latach 1974-1975. W premierowym sezonie Panetolikos zajął przedostatnie miejsce, ale wobec powiększenia ligi do 18 zespołów utrzymał się w lidze.
W następny sezonie Panetolikos ponownie był przedostatni, ale tym razem nie pozwoli mu to na utrzymanie. W następnych latach głównie występował w Beta Ethniki. Ogromny kryzys klub przeżywał w drugiej połowie lat 80., kiedy to spadł nawet do Delta Ethniki (IV liga) w 1988. W następnych latach klub krążył między Beta a Gamma Ethniki. W 2002 ponownie Panetelikos spadł do Delta Ethniki.
Dwa lata później klub powrócił do Gamma Ethniki, a w 2009 Beta Ethniki. W 2011 Panetelikos po prawie 35-letniej przerwie powrócił do greckiej ekstraklasy.
Grecja
