Kształcił się w pracowni ojca i początkowo pozostawał pod jego wpływem. Po śmierci ojca przejął warsztat i w 16311531 został mistrzem [[gildia (historia)|gildii]] św. Łukasza. Około 16441544 [[Inkwizycja]] oskarżyła go o herezję i zmusiła do opuszczenia Antwerpii. Przebywał początkowo prawdopodobnie w [[Fontainebleau]], później w [[Genua|Genui]], gdzie wykonał m.in. ''Portret hrabiego [[Andrea Doria|Dorii]]''. Do Antwerpii powrócił w ok. 1558 i pozostał w mieście do końca życia. Był żonaty z Anną van Tuylt, z którą miał pięcioro dzieci. Jedyny syn Jana, Quentin Massys, nazywany młodszym, również został malarzem. W archiwach zachowały się wzmianki o dwóch uczniach, byli to Frans de Witte i Frans van Tuylt.
