Mehsud zmienił politykę ugrupowania wobec szyitów i chrześcijan. Baitullaha Mehsud, zakładał nieatakowanie pakistańskich chrześcijan i traktowanie ich raczej jako źródła potencjalnego znacznego dochodu dla przyszłego kalifatu, przez opodatkowanie. Hakimullah, kierując się ideologią Al-Kaidy, przeprowadzał liczne krwawe ataki i zamachy na innowierców, dążąc do ich wyeliminowania<ref name=analiza/>.
Wielokrotnie informowano o jego śmierci. Jednak potwierdzona przez samych talibów została wiadomość o jego zgodniezgonie pochodziła z 1 listopada 2013, kiedy to w miejscowości Dande Darpakhel, 5 km na północ od Mirshanah w Północnym Waziristanie, na poruszający się pojazd szefa TTP spadły cztery pociski<ref name=Haki>{{cytuj stronę|url=http://www.bbc.co.uk/news/world-asia-24776363|tytuł=Hakimullah Mehsud killed by drone, Pakistan Taliban say|opublikowany= BBC News|data=1 listopada 2013}}</ref>. W ataku zginął także jego zastępca Tariq Mehsud, ochroniarz oraz dwóch innych bojowników<ref>{{cytuj stronę|url=http://bostonherald.com/news_opinion/international/asia/2013/11/pakistan_slams_us_for_killing_taliban_leader|tytuł=Pakistan slams US for killing Taliban leader|opublikowany= Boston Herald|data=2 listopada 2013}}</ref>. Nowym liderem pakistańskich talibów został mianowany [[Mullah Fazlullah]]. Jego nominacja miała miejsce 7 listopada 2013<ref>{{cytuj stronę|url=http://konflikty.wp.pl/kat,107156,title,Pakistanscy-talibowie-wybrali-nowego-przywodce-zrywaja-rozmowy-pokojowe,wid,16151961,wiadomosc.html|tytuł=Pakistańscy talibowie wybrali nowego przywódcę, zrywają rozmowy pokojowe|opublikowany= wp.pl|data=7 listopada 2013}}</ref>.
