Po klęsce [[kampania wrześniowa|wrześniowej]] w 1939,poroku naleganiachuległa naleganiom syna,abyi w uchodziłaobawie przed [[gestapo]] – opuściła kraj. Dotarła do [[Wielka Brytania|Wielkiej Brytanii]]. Tam w [[Dartmouth]] założyła Dom Dziecka Polskiego, przeniesiony po nalotach [[Luftwaffe]] do [[Szkocja|Szkocji]], do posiadłości [[Castlemains]] koło Douglas w [[Lanarkshire]]. Obok polskiej szkoły, gimnazjum i harcerstwa – powstała tuteż placówka dla żołnierzy, abyktórzy mogli odtąd swe urlopy moglispędzać spędzićw przytowarzystwie polskich dzieciach, w polskiej atmosferze.
W 1942 powołanoroku Olgę Małkowską powołano do władz ZHP. Została przewodniczącą [[KomitetZwiązek NaczelnyHarcerstwa ZHPPolskiego poza granicami Kraju|Komitetu Naczelnego ZHP]] na czas wojny. Uczestniczyła tam również w pracach sięgających przyszłości, organizując GIS (Guides International Service) – skautową służbę międzynarodową niosącą pomoc dzieciom na terenach wyzwalanych spod okupacji hitlerowskiej. Poprzez [[Caritas (organizacja)|Caritas]] GIS dostarczała żywność dzieciom zniszczonej Warszawy.
