5 września 1939, po ewakuacji z Poznania władz sanacyjnychwojewódzkich, odebranej przez mieszkańców jako ucieczka, Ratajski ponownie objął urząd prezydenta miasta, który sprawował do 12 września, gdy zarząd miasta przejęli Niemcy. Po czasowym uwięzieniu w charakterze zakładnika, został zwolniony i na początku 1940 przesiedlony do [[Generalne Gubernatorstwo|Generalnego Gubernatorstwa]], w okolice [[Kielce|Kielc]]. Stamtąd przeniósł się do [[Warszawa|Warszawy]], gdzie w grudniu 1940 został mianowany delegatem[[Delegat rząduRządu na wychodźstwieKraj|Delegatem Rządu RP na krajKraj]]. W trakcie sporów pomiędzy pionem cywilnym i wojskowym państwa podziemnego stał na stanowisku, że władza wojskowa powinna być podporządkowana rozbudowanej administracji cywilnej. Ten pogląd sprawił, że tworzył departamenty Delegatury istniejące obok aparatu cywilnego [[Armia Krajowa|ZWZ-AK]]. Na skutek pogarszającego się zdrowia, Ratajski złożył dymisję ze stanowiska, przyjętą 5 sierpnia 1942 przez premiera gen. [[Władysław Sikorski|Władysława Sikorskiego]].
