W czasie drugiej deportacji (13-14 kwietnia 1940) wysiedleniu podlegały rodziny wrogów ustroju: urzędników państwowych, wojskowych, policjantów, służby więziennej, nauczycieli, działaczy społecznych, kupców, przemysłowców i bankierów, oraz rodziny osób aresztowanych dotychczas przez NKWD i zatrzymanych przy nielegalnej próbie przekroczenia granicylinii demarkacyjnej niemiecko-radzieckiej. Jednak akcja ta była dużo łagodniejsza od pierwszej. Złożyły się na to zarówno warunki termiczne (wiosna), jak i stopień winy wywożonych. O ile bowiem pierwsza wywózka klasyfikowała się wyłącznie do osad specjalnych, o tyle nowi zesłańcy, określani przez NKWD jako „administratiwno-wysłannyje” podlegali jedynie przymusowemu przesiedleniu na nowe, wyznaczone miejsca stałego pobytu. W ramach tej akcji zesłano ok. 61 000 osób. Wyjątkowo duży był w tym przypadku odsetek kobiet i dzieci, wynosił bowiem do 80% całości transportów. Ludność tę osadzono w Północnym Kazachstanie, w obwodach: aktiubińskim, akmolińskim, kustanajskim, pietropawłowskim, karagandyjskim, semipałatyńskim, pawłodarskim i północno-kazachstańskim, kilka tysięcy skierowano też do obwodu czelabińskiego. W maju 1940, w ramach uzupełniania kontyngentów lutowego i kwietniowego, wywieziono niewielkie grupy Polaków, Żydów i Białorusinów z powiatu białostockiego, lidzkiego i grodzieńskiego.
