Obóz został zorganizowany w kompleksie byłych pruskich koszar artylerii, zbudowanych w latach [[1883]]-[[1885|85]]. Od [[11 marca]] [[1922]] do [[1 września]] [[1939]] budynki te były własnością rządu polskiego; mieścił się w nich tzw. etap emigracyjny, ponadto wiele mieszkań zajmowanych przez obywateli polskich pracujących w [[Wolne Miasto Gdańsk|Wolnym Mieście Gdańsku]], świetlica [[Związek Polaków w Wolnym Mieście Gdańsku|Związku Polaków]], szkoła podstawowa [[Gdańska Macierz Szkolna|Macierzy Szkolnej]], sala sportowa, Dom Harcerza oraz kaplica.
[[1 września]] [[1939]] roku nad ranem, prawdopodobnie jeszcze przed atakiem na [[Westerplatte]], obiekty zostały zajęte przez oddziały policji, [[SchutzstaffelnSchutzstaffel|SS]] i [[SA]]. Polscy mieszkańcy zostali w większości aresztowani i - ponieważ miejsce to znajdowało się zbyt blisko Westerplatte, gdzie prowadzono walki - odesłani do [[Victoriaschule]]. Dopiero [[7 września]] na terenie obozu ulokowano Komendanturę Obozów Jenieckich Gdańsk (''Kommandantur der Gefangenenlager Danzig''), na czele której stał SS-Obersturmbannführer [[Max Pauly]]. Od tego dnia zaczęły napływać kolejne grupy więźniów, m. in. [[15 września]] przeniesiono tu wszystkich aresztowanych w [[Victoriaschule]]. W następnych miesiącach (aż do lutego [[1940]]) kierowano do Nowego Portu transporty więźniów z obozów internowania z całego nowoutworzonego okręgu [[Gdańsk-Prusy Zachodnie]]. Oblicza się, że przez obóz przeszło ok. 10.000 więźniów - jednorazowo przebywało w nim ok. 3.000, a dodatkowo kilkaset pracowało w gospodarstwach rolnych na Żuławach. Niektóre osoby wywieziono do [[Piaśnica Wielka|Piaśnicy]] i tam zamordowano. Od lutego [[1940]] rozpoczęto przenoszenie więźniów do [[Stutthof|Stutthofu]]. Również Komendantura Obozów Jenieckich Gdańsk została przeniesiona i przekształcona w komendę obozu Stutthof.
