Miejscowość Jekaterynodar (nazwa na cześć carycy Katarzyny) została założona w 1793 roku przez kozaków (byłych zaporoskich{{fakt|data=2015-03}}) sprowadzonych na rozkaz carycy [[Katarzyna II Wielka|Katarzyny]] dla obrony południowych granic Rosji. Kozacy zasiedlili cały [[Kubań (kraina)|Kubań]], brali udział w opanowywaniu rejonu [[Kaukaz (kraina historyczna)|Kaukazu]]. W 1794 roku ukończono budowę twierdzy, która stanowiła centrum [[Kozacy czarnomorscy|Kozackiego Wojska Czarnomorskiego]]. W 1860 roku Jekaterynodar ustanowiono siedzibą administracyjną obwodu kubańskiego, a w 1867 roku nadano mu prawa miejskie. Pod koniec XIX wieku do miasta doprowadzono linię kolejową łączącą z [[Noworosyjsk]]iem i [[Tichorieck]]iem, co przyczyniło się do wzrostu znaczenia Jekaterynodaru jako węzła transportowego i ośrodka handlowo-przemysłowego. Na początku XX wieku wybudowano liczne zakłady przemysłowe, m.in. zakłady obróbki metali, rafinerie i odlewnię żeliwa. W czasie [[Wojna domowa w Rosji|rosyjskiej wojny domowej]] w rejonie miasta toczono zacięte walki. W latach 1918–1920 miasto było stolicą [[Kubańska Republika Ludowa|Kubańskiej Republiki Ludowej]]. W 1920 roku postanowieniem Ludowego Komisariatu Spraw Wewnętrznych RFSRR Jekaterynodar przemianowano na Krasnodar. Od 1937 roku miasto jest stolicą Kraju Krasnodarskiego<ref name = dic/>.
Od sierpnia 1942 do lutego 1943 miasto było okupowane przez [[III Rzesza|Niemców]]. Wielu Kozaków Kubańskich walczyło po ich stronie, część mieszkańców miasta kolaborowała z okupantem. Z tego powodu po wyzwoleniu przez [[Armia Czerwona|Armię Czerwoną]] miały tu miejsce procesy oskarżonych o zbrodnie wojenne. Osiem osób powieszono publicznie na centralnym placu Krasnodaru.
