Przyszły król urodził się 16 stycznia 1516 r. jako Ye Htut (birm. {{j|my|ရဲထွတ်,}} /{{IPA|jɛ́ tʰʊʔ}}/), syn [[Mingyi Swe]] i [[Shin Myo Myat]]. Jego dokładne pochodzenie nie jest znane. Żadne z istniejących dzisiaj źródeł, w tym ''[[Hanthawaddy Hsinbyushin Ayedawbon]]'', obszerna kronika panowania Bayinnaunga napisana dwa lata przed jego śmiercią, nie wspomina o przodkach króla{{odn|Thaw Kaung|2010|s=102–103}}. Dopiero w 1724 r., około 143 lat po śmierci Bayinnaunga, ''[[Maha Yazawin]]'' – [[Kroniki birmańskie|oficjalna kronika]] Dynastii Taungngu – przedstawiła po raz pierwszy jego genealogię. Według ''Maha Yazawin'' był on synem szlacheckiej rodziny z [[Taungngu]], w owym czasie byłego państwa wasalnego [[Królestwo Ava|królestwa Ava]]. Ze strony ojca pochodził on od wicekrólów Taungngu – [[Tarabya (wicekról Taungngu)|Tarabyi]] (rządził w latach 1440–1446) i [[Minkhaung I (wicekról Taungngu)|Minkhaunga I]] (rządził w latach 1446–1451), a ze strony matki od króla [[Thihathu]] z [[Królestwo Pinya|Pinya]] (panował w latach 1310–1325) i jego najwyższej królowej [[Mi Saw U]] z [[Dynastia Pagan|dynastii Pagan]]{{odn|Thaw Kaung|2010|s=118–119}}. Co więcej, Ye Htut był dalekim kuzynem ówczesnego władcy Taungngu [[Mingyinyo]] i jego syna [[Tabinshwehti]]ego poprzez ich dalekiego przodka, Tarabyę z Pakhan<ref group="uwaga">(Hmannan Yazawin 2003 t. 2: 171): Min Hla Htut, księżna Pyakaung, babka Mingyinya ze strony matki, była córką Minyekyawswy i Saw Min Hla, córki Tarabyi z Pakhan.</ref>. Późniejsze kroniki po prostu powtarzają relację ''Maha Yazawin''{{odn|Thaw Kaung|2010|s=102–103}}. Ogólnie rzecz biorąc, kroniki zgrabnie wiążą pochodzenie Bayinnaunga ze wszystkimi poprzednimi głównymi dynastiami, jakie istniały w [[Górna Birma|Górnej Birmie]]: [[Królestwo Ava|Ava]], [[Królestwo Myinsaing|Myinsaing]]–[[Królestwo Pinya|Pinya]] i [[Królestwo Paganu|dynastie Paganu]].
