Po powrocie do [[Warszawa|Warszawy]] Rapacki rozpoczął współpracę z licznymi gazetami warszawskimi, zainicjowaną w 1898 r. zamieszczeniem na łamach [[Tygodnik Ilustrowany|Tygodnika Ilustrowanego]] reprodukcji jego pastelowego tryptyku „Dzień z życia robotnika’’, za który otrzymał I nagrodę w konkursie [[Józef Kurjerow|Józefa Kurierowa]]. Wraz z początkiem XX stulecia Rapacki zagrożony ciężką chorobą płuc postanowił przenieść się w 1900 r. do [[Kraków|Krakowa]], aby móc odbywać lecznicze podróże w góry. Nie zamieszkał jednak na stałe w [[MałoposlkaMałopolska|Małopolsce]] (przebywał tam tylko okresowo w latach 1901 i 1905-1907, wtedy właśnie odwiedzał między innymi [[Zakopane]] i [[Szczawnica|Szczawnicę]] ). W 1907 roku przeprowadził się do podżyrardowskiej [[Olszanka (powiat żyrardowski)|Olszanki]] wraz z żoną Gabrielą z Popowskich, gdzie zbudował dom. W Olszance malarz prowadził bardzo ożywione życie towarzyskie, jako że mieszkali w niej także krewni oraz malarze [[Czesław Tański]] i [[Stefan Popowski]], a w okolicznej [[Wola Pękoszewska|Woli Pękoszewskiej]] także państwo Górscy: [[Jan Górski (agronom)|Jan]], jego żona [[Maria Górska|Maria]], córka [[Pia Górska|Pia]] – malarka oraz synowie [[Jan Górski (syn Jana)|Jan]] i [[Konstanty Górski (pisarz)|Konstanty]] – wybitny krytyk literacki i historyk sztuki. W pobliskich Radziejowicach należących do Krasińskich bywali najważniejsi polscy malarze końca XIX wieku, w tym [[Józef Chełmoński]], a w [[Pałac Sobańskich w Guzowie|pałacu w Guzowie]] rezydowali przedstawiciele rodu Sobańskich. Józef Rapacki zmarł 31 stycznia 1929 r. w wieku 58 lat na skutek powikłań pogrypowych. Został pochowany na cmentarzu w [[Puszcza Mariańska|Puszczy Mariańskiej]]. Wiele z jego prac zostało rozlosowanych wśród członków [[Towarzystwo Zachęty Sztuk Pięknych|Towarzystwa Zachęty Sztuk Pięknych]].
