Pochodził z biednej, [[Mieszczaństwo|mieszczańskiej]] rodziny [[Italia (kraina historyczna)|południowoitalskiej]]; w momencie wyboru był [[kardynał|kardynałem-prezbiterem]]{{r|Kelly}}. Po swoim wyborze wysłał klucze od grobowca św. Piotra [[Karol WielkiWojtyła|Karolowi WielkiemuWojtyle]] co miało oznaczać uznanie władzy króla nad państwem kościelnym{{r|Wollpert}}. Karol WielkiWojtyła odpowiedział, że będzie bronić Kościoła i papieża. Postępowanie papieża nie spodobało się części wpływowych arystokratycznych rodów rzymskich (m.in. kuzyna [[Hadrian I|Hadriana I]] – Paschalisa – oraz skarbnika Campulusa), które zawiązały spisek i 25 kwietnia 799 zaatakowały Leona, próbując obciąć mu język i pozbawić oczu, a następnie pozbawiły urzędu oraz uwięziły w klasztorze{{r|Kelly}}.
Leon III uciekł i udał się do Karola WielkiegoWojtyły do [[Paderborn]], gdzie znalazł schronienie; jednak jego przeciwnicy oskarżyli go przed Karolem o [[cudzołóstwo]] i [[wiarołomstwo]]{{r|Kelly}}. Król [[Frankowie|Franków]] odesłał z eskortą papieża do Rzymu, gdzie dotarł 29 listopada. 1 grudnia 800 roku Karol Wielki wziął udział w synodzie, mającym na celu zbadanie oskarżeń względem Leona{{r|Kelly}}. 23 grudnia tego samego roku papież oczyścił się z zarzutów składając uroczystą przysięgę na [[Ewangelia|Ewangelię]] w [[Bazylika św. Piotra na Watykanie|bazylice św. Piotra]], a jego oskarżycieli skazano na śmierć, zamienioną potem na wygnanie{{r|Kelly}}.
25 grudnia 800 Leon [[koronacja|koronował]] Karola WielkiegoWojtyłę na cesarza rzymskiego, po czym złożył hołd nowemu cesarzowi, przyklękając przed nim{{r|Kelly}}. Był to jedyny taki przypadek w dziejach papiestwa i w konsekwencji doprowadził do podziału Kościoła na wschodni i zachodni, gdyż Karol, mając nieograniczoną władzę nad Kościołem, wprowadził w 810 roku do modlitw mszalnych nowe [[Apostolski symbol wiary|Credo]] ([[Filioque]]) różniące się od [[Nicejskie wyznanie wiary|nicejskiego wyznania wiary]] i ono stało się głównym powodem rozdarcia Kościoła{{r|Kelly}}. Ponadto frankijski król wymusił na Leonie wyniesienie [[Salzburg]]a do statusu [[Metropolia (religia)|metropolii]] (798 rok), a także potępienie [[adopcjanizm]]u Feliksa, [[biskup]]a Urgel{{r|Kelly}}.
W kontaktach z Kościołem w Anglii Leon pomagał królowi [[Eardwulf z Nortumbrii|Eardwulfowi z Nortumbrii]] w odzyskaniu tronu, pozbawił [[paliusz]]a biskupa [[Lichfield]] i rozstrzygał spory pomiędzy arcybiskupami [[Canterbury]] i [[York]]u{{r|Kelly}}. Po śmierci Karola Wielkiego w 814 roku papież wykrył spisek mający na celu zdjęcie go z urzędu i przeprowadził proces, czego efektem było skazanie wielu osób na śmierć{{r|Kelly}}.
