Jest kibicem klubu piłkarskiego [[Cracovia (piłka nożna)|Cracovia]], należy do [[Kościół ewangelickoEwangelicko-augsburskiAugsburski w RP|Kościoła ewangelickoEwangelicko-augsburskiegoAugsburskiego]], jak wyznaje w swoim "Dzienniku", od 2009 jest osobą niewierzącą, jednakże na jego końcu stwierdza, iż Bóg istnieje<ref>{{cytuj książkę|tytuł=Dziennik|autor=Jerzy Pilch|rok=2012|wydawca=Wielka Litera}}</ref>. W 2012 ujawnił publicznie, że cierpi na [[choroba Parkinsona|chorobę Parkinsona]]<ref>{{cytuj stronę | url = http://natemat.pl/24501,pisarz-jerzy-pilch-otwarcie-opowiada-o-zyciu-z-choroba-parkinsona | tytuł = Pisarz Jerzy Pilch otwarcie opowiada o życiu z chorobą Parkinsona | opublikowany = natemat.pl | data dostępu = 2012-08-18}}</ref>. Życie z tym nieuleczalnym schorzeniem i związana z tym świadomość powolnej degeneracji własnego ciała i umysłu należały do głównych tematów, jakie Pilch poruszał w latach 2012-2013 w swoim ''Drugim dzienniku'', publikowanym na bieżąco w ''Tygodniku Powszechnym'', a następnie wydanym w formie książkowej przez Wydawnictwo Literackie. Począwszy od lata 2013 rubryka ta zmieniła nieco charakter i obecnie, pod nazwą ''Drugi dziennik, czyli autobiografia w sensie ścisłym'', skupia się na historiach z dzieciństwa pisarza w Wiśle.
