W marcu 1943 w pobliżu budynku miała miejsce [[akcja pod Arsenałem]].
Podczas [[powstanie warszawskie|powstania warszawskiego]] Pasaż Simonsa stanowił polską redutę ryglującą dostęp na Starówkę, a w jego piwnicach znajdował się powstańczy punkt sanitarny oraz chronilischron siędla liczniludności cywilecywilnej<ref name="Komorowski">{{Cytuj książkę | nazwisko = Komorowski (red.) | imię = Krzysztof | tytuł = Warszawa walczy 1939–1945. Leksykon | wydawca = Fundacja Polska Walczy i Wydawnictwo Bellona | miejsce = Warszawa | data = 2015 | strony = 683 | isbn = 978-83-1113474-4}}</ref>. Gmach był wielokrotnie bombardowany i ostrzeliwany, a 19 lub 20 sierpnia został poważnie uszkodzony wybuchem pojazdu [[Borgward IV]]<ref name="Komorowski"/>. [[Kalendarium powstania warszawskiego - 31 sierpnia|31 sierpnia]] budynek uległ zawaleniu wskutek nalotu niemieckich [[Junkers Ju 87|stukasów]]. Pod gruzami zginęło ok. 300 osób, w większości broniących pasażu żołnierzy [[batalion Chrobry I|batalionu „Chrobry I”]]<ref>{{cytuj książkę | nazwisko = Bartoszewski | imię = Władysław | tytuł = 1859 dni Warszawy | wydawca = Wydawnictwo Znak | miejsce = Kraków | data = 2008 | strony = 765 | isbn = 978-83-240-10578 |oclc=938718461 |język=pl}}</ref>. W zawalonych piwnicach budynku wciąż spoczywa część poległych (po wojnie wydobyto 99 ciał).
{{Osobny artykuł|Zagłada Pasażu Simonsa}}
Po wojnie Pasaż Simonsa nie został odbudowany. W 1947 z zawalonych ruin i piwnic wydobyto 99 ciał<ref name="Komorowski"/>.
Po gmachu istniałypozostały pozostałościślady w postaci szczątków konstrukcji (fragmenty żelbetowych słupów) oraz zawalone piwnice. Na jego miejscu znajduje się parking oraz tereny zielone (część [[Ogród Krasińskich w Warszawie|Ogrodu Krasińskich]]).
Plany zbudowania na części działki zajmowanej przez Pasaż Simonsa [[Apartamentowiec|apartamentowca]] przez zostały w 2017 oprotestowane przez Związek Powstańców Warszawskich. Zdaniem powstańców w tym miejscu mogły znajdować się szczątki żołnierzy i osób cywilnych, którzy zginęli w sierpniu 1944<ref>{{Cytuj pismo | nazwisko = Urzykowski | imię = Tomasz | tytuł = Nie zbudują na grobach | czasopismo = Gazeta Stołeczna | strony = 3 | data = 6 lipca 2017}}</ref>.
