Sezon 2016 dla [[McLaren]]a był zdecydowanie bardziej udany niż poprzedni, lecz już podczas pierwszego wyścigu w [[Grand Prix Australii 2016|Australii]], sam Alonso poważnie rozbił swój bolid podczas kolizji z [[Esteban Gutiérrez|Estebanem Gutiérrezem]]. W zakręcie numer 3 doszło do kontaktu. Spowodował go samochód Alonso, który później uderzył w betonową barierę z prędkością 270 km/h. Fernando po tym wypadku miał zapadnięte płuco i złamane żebro. W związku z tym został zastąpiony przez [[Stoffel Vandoorne|Stoffela Vandoorne]]'a podczas rundy [[Grand Prix Bahrajnu 2016|Grand Prix Bahrajnu]]. Po powrocie do ścigania w rywalizacji o [[Grand Prix Chin Formuły 1|Grand Prix Chin]] swój wyścig ukończył na 12 pozycji, miejsce przed kolegą Jensonem Buttonem. Na starcie [[Grand Prix Rosji 2016|Grand Prix Rosji]] Alonso zdobył swoje pierwsze punkty w tym sezonie, kończąc wyścig na 6 miejscu. To był jego drugi tak wysoki wynik dla McLarena od czasów odejścia z zespołu [[Scuderia Ferrari|Ferrari]]. Podtrzymując wysoką formę dwa wyścigi później swoje [[Grand Prix Monako 2016|Grand Prix Monako]], ukończył na piątym miejscu. Po wakacyjnej przerwie [[Grand Prix Belgii 2016|Grand Prix Belgii]] Alonso oraz jego były kolega [[Lewis Hamilton]], otrzymali karę przesunięcia o 50 miejsc na starcie, za zmianę większej ilości części silnika niż jest to dozwolone. Tym sposobem do startu ruszyli z końca stawki. Jednak Alonso i Hamilton pojechali dobry wyścig, korzystając z czerwonej flagi, która została wywołana przez Kevina Magnussena. ObojeObaj zajęli odpowiednio 7 i 3 miejsce. W [[Grand Prix Malezji 2016|Grand Prix Malezji]] Alonso otrzymał karę 45 miejsc i ruszył z końca stawki, ale skończył siódmy podobnie jak w Belgii.
[[Plik:Stoffel Vandoorne 2017 Catalonia test (27 Feb-2 Mar) Day 4.jpg|mały|344x344px|Bolid zespołu McLaren na sezon 2017]]
===== Sezon 2017 =====
Do sezonu 2017 Fernando Alonso oraz jego zespół wraz z Hondą przystępowali z wielkimi aspiracjami. W związku z nowymi regulacjami technicznymi zespoły przebudowały swoje samochody a sama Honda dostarczyła zupełnie nowy silnik. Podczas pierwszych przedsezonowych testów w Barcelonie, Fernando oraz jego nowy partner zespołowy Stoffel Vandoorne zmagali się z problemami źle zaprojektowanego zbiornika oleju,. Podczas dużych przeciążeń występowało za słabe ciśnienie oleju.
