W reprezentacji zadebiutował 19 listopada 1933 w meczu przeciwko [[Reprezentacja Niemiec w piłce nożnej mężczyzn|reprezentacji Niemiec]], w którymktóry jego zespół przegrał 0:2. W 1934 [[Heini Müller]], ówczesny selekcjoner [[Reprezentacja Szwajcarii w piłce nożnej mężczyzn|reprezentacji Szwajcarii]] powołał Hubera na [[Mistrzostwa Świata w Piłce Nożnej 1934|MŚ 1934]]. Nie zagrał w żadnym spotkaniu. Razem z ekipą osiągnął na [[Włochy|włoskim]] turnieju ćwierćfinał. W 1938 [[Karl Rappan]] powołał go na [[Mistrzostwa Świata w Piłce Nożnej 1938|MŚ 1938]]. Na tym turnieju był podstawowym bramkarzem i zagrał w 3 spotkaniach: dwukrotnie z [[Reprezentacja Niemiec w piłce nożnej mężczyzn|Niemcami]] (1:1 i 4:2), a także w ćwierćfinale z [[Reprezentacja Węgier w piłce nożnej mężczyzn|Węgrami]] przegranym 0:2<ref name="Huber, Wilhelm">{{Cytuj stronę |url = http://www.fifa.com/worldfootball/statisticsandrecords/players/player=51070/index.html |tytuł = Willy Huber |data dostępu = 2012-08-01 |opublikowany = fifa.com |język = en }}</ref>. Po raz ostatni w reprezentacji zagrał 1 listopada 1942 w przegranym 0:3 spotkaniu z [[Reprezentacja Węgier w piłce nożnej mężczyzn|Węgrami]]. W sumie wystąpił w 16 spotkaniach.
