20 września 1939 został powołany przez generała Rommla[[Juliusz Rómmel|Juliusza Rómmla]] na członka Komitetu Obywatelskiego<ref>{{Cytuj |autor = |tytuł = Dowódca Armii "Warszawa" |czasopismo = Robotnik |data = 1939-09-21 |wolumin = XLV |numer = 263 |s = 1 |cytat = Celem reprezentowania interesów społecznych i gospodarczych ludności stolicy powołuję do życia: Komitet Obywatelski}}</ref>. Po kapitulacji Warszawy i nastaniu niemieckich władz okupacyjnych na początku października 1939 znalazł się na liście zakładników miasta Warszawy<ref>{{Cytuj pismo | tytuł = Zakładnicy miasta Warszawy | czasopismo = [[Warszawski Dziennik Narodowy]] | wolumin = 267 | strony = 1 | data = 7 października 1939 | url = http://ebuw.uw.edu.pl/publication/106389}}</ref>. W nocy 17/18 maja 1941 został aresztowany razem ze [[Stanisław Sedlaczek|Stanisławem Sedlaczkiem]] i kilkunastoma innymi pracownikami Stołecznego Komitetu Samopomocy Społecznej. Trafił do największego więzienia w [[Generalne Gubernatorstwo|Generalnym Gubernatorstwie]] – [[Pawiak]]a. 23 lipca 1941 roku został wywieziony do [[Obozy niemieckie 1933–1945|niemieckiego obozu]] [[obóz koncentracyjny|koncentracyjnego]] [[Auschwitz-Birkenau|Auschwitz]]{{r|Bartoszewski}}. W transporcie liczącym 350 innych więźniów znajdowało się również wielu wybitnych Polaków jak były wiceminister skarbu [[Roman Rybarski]], 11-krotny mistrz Polski w biegach długodystansowych [[Józef Noji]], polityk [[Polska Partia Socjalistyczna|PPS]] [[Adam Kuryłowicz]], publicysta Piotr Kownacki{{r|Bartoszewski}}{{r|Domanska}}. Witold Staniszkis został zamordowany w obozie przez niemieckich nazistów w 1941 roku.
Symboliczny grób znajduje się na cmentarzu [[Cmentarz Powązkowski w Warszawie|Powązkowskim]] w [[Warszawa|Warszawie]] (kw. 213–II–29)<ref>{{cytuj książkę |inni = (red.)| tytuł = Cmentarz Powązkowski w Warszawie| url = |wydawca = Krajowa Agencja Wydawnicza| rok = 1984| strony = | rozdział = | nazwisko r = | imię r = | isbn = 83-03-00758-0}}</ref>.
