WOd pierwszych dni istnienia NDH nasiliłtrwało się[[Ludobójstwo terrorSerbów iw czystkiNiepodległym etnicznePaństwie skierowaneChorwackim|ludobójstwo]], główniektórego przeciwkoofiarami prawosławnympadli głównie [[prawosławie|prawosławni]] [[Serbowie|Serbom]] oraz [[Żydzi|Żydom]] i [[Romowie|Cyganom]]. W trakcie masowych eksterminacji na terenie NDH, m.in. w [[Jasenovac (obóz koncentracyjny)|obozach koncentracyjnych w Jasenovacu]], zginęło ponad 350 tysięcy ludzi, z czego prawie 300 tysięcy było Serbami.
Jednocześnie już w lipcu 1941 rozpoczął działania zbrojne [[Narodowa Armia Wyzwolenia Jugosławii|partyzancki ruch oporu [[NOVJ]], w którego skład wchodzili przedstawiciele różnych narodowości<ref>{{cytuj książkę |autor=Vlado Strugar |tytuł=Wojna i rewolucja narodów Jugosławii 1941–1945 |wydawca=MON, |miejsce=Warszawa |data=1967 |strony=64}}</ref>. Pod koniec 1941 na terenie Chorwacji większość partyzantów stanowili Serbowie (77%), zaś Chorwaci tylko 21,5%. Udział Chorwatów w partyzantce stale się jednak zwiększał i od sierpnia 1942 do września 1943 wzrósł z 32% do 34%, zaś w 1944 Chorwaci stanowili już 60,4% partyzantki w Chorwacji, Serbowie – 28,6%, Muzułmanie – 2,8% i pozostali (Słoweńcy, Czarnogórcy, Włosi, Węgrzy, Czesi, Żydzi i b. volksdeutsche) 8,2%<ref>Goldstein. ''Serbs and Croats in the national liberation war in Croatia''., p. 266-267.</ref>.
