Po odejściu Leblanca, który "wplątał się" w fatalny kontrakt z szybko rozwiązaną grupą Le Groupment, Virenque został niekwestionowanym liderem Festiny. Podczas sezonu 1995 znów wygrał pirenejski etap (feralny odcinek piętnasty Saint Girons – Cauterets / Cretes du Lys, podczas, którego zginął mistrz olimpijski z Barcelony Włoch [[Fabio Casartelli]]) oraz klasyfikację górską Tour de France, lecz w klasyfikacji generalnej tego wyścigu był "tylko" dziewiąty. Wyżej uplasował się w zdominowanej przez kolarzy ONCE z Jalabertem na czele [[Vuelta a España|Vuelta a Espana]], którą ukończył na piątej pozycji. Natomiast dwa tygodnie po Vuelcie finiszował szósty podczas światowego czempionatu wyznaczonego po raz pierwszy w październiku i w dodatku w dalekiej, kolumbijskiej [[Duitama|Duitamie]] na skrajnie trudnej, andyjskiej trasie. W sezonie 1996 szeregi Festiny wzmocnił Szwajcar [[Laurent Dufaux]] stając się "prawą ręką" Francuza w jego próbach zwycięstwa w "Wielkiej Pętli". W tym samym roku nastąpił kres ery wielkiego Induraina, zaś Tour padł łupem duetu, lecz nie z Festiny a niemieckiego Telekomu (Duńczyk [[Bjarne Riis]] & Niemiec [[Jan Ullrich]]). Virenque jednak przynajmniej po raz pierwszy wspiął się na generalne podium TdF oraz już po raz trzeci okazał się najlepszym góralem tej imprezy. Po raz kolejny sprawdził się też w zawodach rangi mistrzowskiej zajmując piąte lokaty w wyścigach ze startu wspólnego na [[Letnie Igrzyska Olimpijskie 1996|igrzyskach olimpijskich w Atlancie]] jak i [[Mistrzostwa Świata w Kolarstwie Szosowym 1996|mistrzostwach świata w Lugano]]. Swój najlepszy (z punktu widzenia [[Ranking UCI kolarzy szosowych|rankingu UCI]]) sezon uświetnił zaś cztery dni po mistrzostwach zwycięstwem we włoskim semi-klasyku Giro del Piemonte.
