Samolot Airbus A321 wystartował z [[Port lotniczy Szarm el-Szejk|portu lotniczego Szarm el-Szejk]] około 3:50 [[Uniwersalny czas koordynowany|UTC]] (5:50 czasu egipskiego)<ref name="FR24">{{cytuj stronę|url=http://www.flightradar24.com/blog/crash-of-metrojet-flight-7k9268/|tytuł=Crash of Metrojet Flight 7K9268 |opublikowany=Flighradar24.com|język =en| data dostępu=2015-11-01}}</ref>, kierującudając się nado lotniskolotniska Pułkowo w Sankt Petersburgu (Rosja). Po starcie planowo skierował się w kierunkuna północnympółnoc, przelatując nad półwyspem [[Synaj (półwysep)|Synaj]] i wznosząc się na wysokość przelotową ponad 30 000 stóp. Podczas końcowej fazy [[Wznoszenie|wznoszenia]] na poziomie lotu FL307 o godzinie 6:13 lokalnego czasu<ref name="FR24">{{cytuj stronę|url=http://www.flightradar24.com/blog/crash-of-metrojet-flight-7k9268/|tytuł=Crash of Metrojet Flight 7K9268 |opublikowany=Flighradar24.com|język =en| data dostępu=2015-11-01}}</ref>, samolot zniknął z radarów<ref name="ah">{{Cytuj stronę | url = http://avherald.com/h?article=48e9abe4&opt=0 | tytuł = Crash: Metrojet A321 over Sinai on Oct 31st 2015, disappeared from radar in climb over Sinai| opublikowany = avherald.com | język = en | data dostępu = 2015-10-31}}</ref>; próbowano nawiązać kontakt z pilotem przez kontrolerów z Cypru. Część egipskich mediów, powołując się na koła rządowe, poinformowała, że piloci przed zniknięciem samolotu z radaru poinformowali ziemię o problemach technicznych z silnikiem<ref name="ah">{{Cytuj stronę | url = http://avherald.com/h?article=48e9abe4&opt=0 | tytuł = Crash: Metrojet A321 over Sinai on Oct 31st 2015, disappeared from radar in climb over Sinai| opublikowany = avherald.com | język = en | data dostępu = 2015-10-31}}</ref>. Federalna Agencja Transportu Lotniczego w Rosji potwierdziła zniknięcie samolotu, początkowo jednak mając wątpliwości, czy maszyna uległa wypadkowi.
Egipskie Cywilne Ministerstwo Lotnictwa wydało oświadczenie, w którym wskazało, że lot odbywał się na wysokości 31.000 stóp (9400 m); gdy zniknął z radarów po około minucie znajdował się już na poziomie tylko 5.000 stóp (1500 m).
