Dla [[Artafernes]]a była to bardzo upokarzająca klęska, [[Aristagoras]] obiecał mu łatwe i zyskowne zwycięstwo. Stosunki miedzymiędzy [[Aristagoras]]em, a [[Artafernes]]em zaostrzyły się przez konflikt z [[Megabatos]]em i po nieudanej wyprawie na [[Naksos]]. Sam [[Aristagoras]] sądził wreszcie, że odbiorą mu panowanie nad Miletem. Bojąc się tego wszystkiego, zaczął rozmyślać o buncie. Wtedy właśnie przyszła tajna wiadomość od [[Histiajos]]a, by ten rozpoczął bunt przeciw Persa. Można wiec stwierdzić ze oblężenie pod [[Naksos]] było bezpośrednią przyczyna [[Powstanie jońskie|powstania Jońskiego]]. [[Naksos]] zostanie zdobyte przez [[Datys]] podczas jego wyprawy z 490 roku p.n.e.
