Początkowo łuskonośne dzielono na węże (Serpentes) i jaszczurkigady (Lacertilia, dawniej Sauria). W późniejszych klasyfikacjach wyodrębniono też amfisbeny (Amphisbaenia). Z kolei jaszczurki, jako [[takson parafiletyczny]] (choć pochodzą od nich węże i amfisbeny, obie te grupy nie są do nich zaliczane), przestały być wyróżniane w niektórych nowszych klasyfikacjach; np. w klasyfikacji [[Integrated Taxonomic Information System|ITIS]] są zastąpione przez trzy odrębne linie ewolucyjne - Autarchoglossa, Gekkota i Iguania<ref>http://www.itis.gov/servlet/SingleRpt/SingleRpt?search_topic=TSN&search_value=173861</ref>.