Dopasowanie sekwencji: Różnice pomiędzy wersjami

drobne techniczne
(linki zewnętrzne)
(drobne techniczne)
Jeśli dwie dopasowywane sekwencje mają wspólne pochodzenie, niedopasowania mogą być interpretowane jako [[mutacja punktowa|mutacje punktowe]], a przerwy jako [[indele]] (mutacje polegające na delecji lub insercji), które zaszły w jednej lub obu liniach od czasu, kiedy obie sekwencje uległy rozdzieleniu. W przypadku dopasowywania sekwencji białek, stopień podobieństwa pomiędzy [[aminokwasy|aminokwasami]] zajmującymi konkretną pozycję, może stanowić zgrubną miarę tego, jak konserwatywny jest dany region lub motyw . Brak substytucji lub obecność jedynie konserwatywnych substytucji (tj. zamiany reszty na inną, ale o podobnych właściwościach chemicznych) w określonym regionie sekwencji sugeruje, że jest on ważny strukturalnie lub funkcjonalnie. Dopasowywanie sekwencji może być także stosowane dla sekwencji pochodzenia poza biologicznego, np. danych finansowych lub sekwencji występujących w [[język naturalny|językach naturalnych]].
 
Bardzo krótkie lub bardzo podobne sekwencje mogą być dopasowane ręcznie. Bardzo często jednak konieczne jest dopasowanie licznych, bardzo długich i zmiennych sekwencji, które nie mogą być dopasowane tylko i wyłącznie ludzkim wysiłkiem. Zamiast tego, wysiłek wkładany jest w opracowanie algorytmów umożliwiające wysokiej jakości dopasowania, ewentualnie wprowadzanie poprawek do uzyskanych w ten sposób rezultatów,(szczególnie w przypadku sekwencji nukleotydowych). Ogólnie, podejścia obliczeniowe do dopasowywania sekwencji mogą być dwojakiego rodzaju: ''dopasowań globalnych'' i ''dopasowań lokalnych''. Obliczanie dopasowania lokalnegoglobalnego jest formą [[optymalizacja|optymalizacji globalnej]], w której dopasowanie musi obejmować całą długość wszystkich analizowanych sekwencji. Przeciwnie, dopasowanie lokalne identyfikuje podobne regiony w obrębie długich sekwencji, które – rozpatrywane w całości – nie muszą wykazywać znacznego podobieństwa. Dopasowania lokalne są zazwyczaj preferowane, ale ich obliczenie może być trudniejsze z uwagi na dodatkowe wyzwanie określenia regionów wykazujących podobieństwo. Różnorodne algorymy były stosowane do dopasowań sekwencji, w tym powolne, ale formalnie optymalizujące metody, jak [[programowanie dynamiczne]], także efektywne metody [[heurystyka|heurystyczne]] czy [[teoria prawdopodobieństwa|probablistyczne]], zaprojektowane dla szeroko zakrojonych przeszukiwań baz danych.
 
== Sposoby przedstawienia ==
16

edycji