Dopasowanie sekwencji: Różnice pomiędzy wersjami

Rozmiar się nie zmienił ,  11 lat temu
m
(drobne techniczne)
=== Metody dot-matrix ===
 
[[Plik:Zinc-finger-dot-plot.png|thumb|200px|DNA dot plot ludzkiego [[czynnik transkrypcyjny|czynnika transkrypcyjnego]] zawierającego motyw [[palec cynkowy|palcepalca cynkowego]] (GenBank ID NM_002383), wykazującego regionalne samopodobieństwo. Główna przekątna przedstawia dopasowanie sekwencji do siebie samej;linie poza nią przedstawiają podobne lub repetetywne wzorce w obrębie sekwencji.]]
 
Dot-matrix, dostarczająca rodzinę dopasowań dla poszczególnych regionów sekwencji, jest prostym prostym podejściem jakościowym,jednak analiza wyników na dużaą skalę jest czasochłonna. Pewne cechy sekwencji – jak insercje, delecje, powtórzenia proste czy odwrócone – są łatwo dostrzegalne na graficznej wizualizacji dot-matrix. Konstruując taką wizualizację zapisujemy nasze dwie sekwencje, odpowiednio, w pierwszym wierszu i pierwszej kolumnie dwuwymiarowej macierzy [[macierz]]y. W miejscu odpowiadającym identycznym/podobnym pozycjom w obu sekwencjach stawiana jest kropka. Niektóre implementacje róznicują rozmiar lub intensywnośc kropki w zależności od stopnia podobieństwa w odpowiednich pozycjach, przez co można odróznic substytucje mniej i bardziej konserwatywne. W przypadku bardzo zbliżonych sekwencji na takiej macierzy kropki układają się w pojedynczą linię wzdłuż głównej przekątnej.
6564

edycje