Kolejna tragedia jaka spada na miasto ma miejsce w 1520 roku. W październiku w czasie [[Wojna polsko-krzyżacka 1519-1521|wojny 1519-1521]] Międzyrzecz zostaje zrównany z ziemią. Dzięki pomocy króla [[Zygmunt II August|Zygmunta Augusta]] i pracy mieszkańców miasto szybko się podniosło.
{{Main|Bitwa o Międzyrzecz (1520)}}
Stulecia XVII i XVIII przynoszą miastu serię klęsk, wynikających z wojen, przemarszów wojsk, epidemii, powodzi i pożarów, które doprowadziły do wyniszczenia miasta i załamania jego rozwoju. W roku 1793, wMiędzyrzecz wynikuzostaje zagarnięty przez [[Królestwo Prus|Prusy]] podczas [[II rozbiór Polski|II rozbioru RzeczypospolitejPolski]] Międzyrzecz zostaje wcielony do [[Królestwo Prus|Prus]]. W okresie wojen napoleońskich, miasto na krótko stałopowróciło się częściąodo [[Księstwo Warszawskie|Księstwa WarszawskiegoPolski]]. Z uwagi na dominację w mieście ludności niemieckiej, [[Traktat wersalski|Traktat wersalski]] pozostawił w 1919 miasto w granicach Niemiec. Do [[I wojna światowa|I wojny światowej]] rozwój miasta został spowolniony. Nowy okres dynamicznego wzrostu przypada na okres międzywojenny. Po [[powstanie wielkopolskie|powstaniu wielkopolskim]] i [[Traktat wersalski|Traktacie wersalskim]], miasto pozostaje w granicach Niemiec. W początkowych latach okresu międzywojennego Międzyrzecz pełni rolę ''stolicy'' i ośrodka centralnego prowincji [[Marchia Graniczna Poznańsko-Zachodniopruska|Marchii Granicznej]]<ref name=autonazwa1 />. Miało to swój szczególny wyraz w obrazie architektonicznym miasta. W latach 30. XX wieku, z uwagi na bliskość polsko-niemieckiej granicy, w sąsiedztwie Międzyrzecza, powstaje [[Międzyrzecki Rejon Umocniony]]. W okresie 1942-1945, w szpitalu w Obrawalde, w ramach akcji [[Akcja T4|T4]],uśmiercono około 10 tysięcy ludzi. W mieście i okolicach istniały także obozy jenieckie i pracy przymusowej. 29 maja 1944 roku nad miastem rozegrała się powietrzna bitwa pomiędzy niemiecką [[Luftwaffe]]a lotnictwem [[USA]]<ref>http://www.miedzyrzecz.biz/historia/art-2009/powietrzna-bitwa/powietrzna-bitwa.htm.</ref>.
Po zakończeniu II wojny światowej Międzyrzecz, po 152 latach powraca do Polski.
