Czarny Dunajec leży w strefie klimatu umiarkowanego chłodnego, średnia temperatury w bieżącym stuleciu wynosi średnio 5,3 °C. . Najwyższa temperatura, jaką zanotowano wynosiła 33,1 9°C<ref>{{Cytuj|tytuł=Gmina Czarny Dunajec Geografia, klimat|data dostępu=2017-10-24|opublikowany=www.czarny-dunajec.pl|url=http://www.czarny-dunajec.pl/47/geografia_klimat|język=pl}}</ref>, a najniższa temperatura wynosiła -41 42°C<ref>{{Cytuj|autor=Jerzy Michalczewski|tytuł=Zagadnienia Klimatyczne Kotliny Podhalańskiej, str. 55|data=1962}}</ref> ([[10 lutego]] [[1929]]). [[3 lutego]] [[2012]] roku temperatura spadła do -34,8 °C. Średnia roczna suma opadów wynosi 743 mm<ref>[http://czarny-dunajec.pl/klimat Czarny Dunajec | Klimat<!-- Tytuł wygenerowany przez bota -->]</ref>.
Torfowiska (szczególnie [[Puścizna Rękowiańska]]) w Czarnym Dunajcu są jednym z najchłodniejszych miejsc w Polsce. Nawet latem, w lipcu i sierpniu temperatura przy bezchmurnym niebie, potrafi spadać poniżej zera. Przykładowo [[8 lipca]] [[2016]] zanotowano -1,9°C a [[8 stycznia]] [[2017]] -39,8°C.<ref>[http://meteomodel.pl/forum2/index.php?topic=714 Zastoisko mrozowe w Cz. Dunajcu- klimat]</ref><ref>{{Cytuj|tytuł=-39.8°C i -38.9°C - Pogoda i Klimat|czasopismo=Pogoda i Klimat|data=2017-01-08|data dostępu=2017-10-24|url=https://meteomodel.pl/BLOG/39-8c-i-38-9c/|język=en-US}}</ref>
