Archipelag wysp [[Czagos]] zajęty został przez Francję w [[XVIII wiek|XVIII]] wieku i włączony do kolonii Ille de France (dzisiejszy [[Mauritius]]). W 1810 roku wyspy zostały odebrane Francuzom przez Brytyjczyków i przyłączone do brytyjskich wówczas [[Seszele|Seszeli]] (zostało to usankcjonowane [[pokój paryski (1814)|traktatem z 1814 r.]]). W 1903 roku wyspy Czagos odłączono od Seszeli i przyłączono do brytyjskiego Mauritiusa. Brytyjskie Terytorium Oceanu Indyjskiego utworzono w 1965 roku z wysp Czagos ponownie odłączonych od Mauritiusa i kilku wysp wyłączonych z terytorium Seszeli -– [[Aldabra (archipelag)|Aldabra]], [[Farquhar (archipelag)|Farquhar]] i [[Desroches]] – w celu założenia baz wojskowych Stanów Zjednoczonych i Wielkiej Brytanii, zgodnie z umową zawartą przez oba kraje na 50 lat. Wielka Brytania wykupiła te ziemie w 1967 roku. Dawni mieszkańcy wysp zostali przesiedleni w latach 1967-73, najpierw na Mauritius, później także na Seszele. W 1976 roku archipelagi Aldabra i Farquhar oraz wyspę Desroches zwrócono Seszelom po uzyskaniu przez nie niepodległości<ref>[[Komisja Standaryzacji Nazw Geograficznych poza Granicami Rzeczypospolitej Polskiej]], [http://ksng.gugik.gov.pl/pliki/protokol_ksng/protokol_ksng-81_posiedzenie.pdf Protokół z LXXXI posiedzenia], str. 4 (ostatni dostęp: 28 listopada 2013 r.)</ref>. Obecnie Terytorium obejmuje tylko sześć głównych grup wysp tworzących archipelag [[Czagos]]. Od lat 70. na największej i najdalej na południe wysuniętej wyspie terytorium [[Diego Garcia]] mieści się wspólna baza [[marynarka wojenna|marynarki wojennej]] Wielkiej Brytanii i USA. Pozostałe wyspy Brytyjskiego Terytorium Oceanu Indyjskiego są niezamieszkane. W 2000 roku brytyjski Sąd Najwyższy unieważnił decyzję lokalnych władz imigracyjnych, na mocy której wysiedlono dawnych mieszkańców wysp, ale podtrzymał specjalny status wojskowy Diego Garcia.
