Wersja z 15:26, 20 sty 2018 edytuj Paweł Ziemian BOT (dyskusja \| edycje) Boty 1 384 060 edycji m Dodaję nagłówek przed Szablon:Przypisy ← poprzednia edycja		Wersja z 00:38, 5 lis 2018 edytuj anuluj edycję Paweł Ziemian BOT (dyskusja \| edycje) Boty 1 384 060 edycji m Poprawiam szablon cytowania następna edycja →
Linia 1: '''Filogenomika'''<ref>{{Cytuj pismo \| nazwisko = Mackiewicz \| imię = Paweł \|nazwisko2 = Zakrzewska-Czerwińska \| imię2 = Jolanta\|nazwisko3 = Cebrat \| imię3 = Stanisław \| tytuł = Genomika – dziedzina wiedzy XXI wieku \| czasopismo = Biotechnologia \| wolumin = 3\| wydanie = 70\| strony = 7-21 \| rok = 2005 \|url =http://www.pfb.info.pl/files/kwartalnik/3_2005/Mackiewicz-Zakrzewska.pdf}}</ref> – dziedzina [[nauka\|nauki]] będąca połączeniem wiedzy z [[ewolucja\|ewolucji]] i [[genomika\|genomiki]]<ref>{{cytuj pismo \|tytuł = Overview of the First Phylogenomics Conference \| nazwisko = Philippe\| imię = Hervé\| \| nazwisko2 = Blanchette\| imię2 = Mathieu \| rok = 2007 \| czasopismo = BMC Evolutionary Biology \|wolumin=7 \|wydanie=Suppl 1 \|strony=S1\| język = en \|doi=10.1186/1471-2148-7-S1-S1}}</ref>. Termin ten był używany w wielu znaczeniach do określenia niektórych typów analiz z udziałem danych [[genom]]u i rekonstrukcji ewolucyjnych, zwłaszcza [[filogeneza\|filogenezy]]. Przykłady różnych znaczeń filogenomiki: * Przewidywanie funkcji [[gen]]u w oparciu o historię jego ewolucji w [[drzewo filogenetyczne\|drzewie filogenetycznym]]. Było to pierwotne znaczenie tego terminu, użytego przez biologa ewolucyjnego Jonathana Eisena. W celu przeglądu tego aspektu filogenomiki, patrz: Sjölander (2004)<ref>{{Cytuj pismo \| nazwisko = Sjölander \| imię = K. \| tytuł = Phylogenomic inference of protein molecular function: advances and challenges \| czasopismo = Bioinformatics \| wolumin = 20 \| wydanie = 2 \| strony = 170-9 \| rok = 2004 \| doi = \| pmid = 14734307 \|język=en}}</ref> oraz Brown i Sjölander (2006)<ref>{{Cytuj pismo \| nazwisko = Brown \| imię = D. \| nazwisko2 = Sjölander \| imię2 = K. \| tytuł = Functional classification using phylogenomic inference \| czasopismo = PLoS Computational Biology \| wolumin = 2 \| wydanie = 6 \| strony = e77 \| rok = 2006 \| doi = 10.1371/journal.pcbi.0020077 \| pmid = 16846248 \|język=en}}</ref>. * Rekonstrukcja drzewa [[gatunek (biologia)\|gatunku]] przez połączenie informacji z wielu genów lub całego genomu<ref>{{Cytuj pismo \| nazwisko = Delsuc \| imię = F. \| nazwisko2 = Brinkmann \| imię2 = H. \| nazwisko3 = Philippe \| imię3 = H. \| tytuł = Phylogenomics and the reconstruction of the tree of life \| czasopismo = Nature Review Genetics \| wolumin = 6 \| wydanie = 5 \| strony = 361-75 \| rok = 2005 \| doi = 10.1038/nrg1603 \| pmid = 15861208 \|język=en}}</ref><ref>{{Cytuj ~~pismo~~ \| ~~nazwisko = Philippe \| imię~~autor = H. \|Philippe, ~~nazwisko2 =~~EA. Snell, ~~\| imię2 = EA~~E. ~~\| nazwisko3 =~~ Bapteste, ~~\| imię3 = E~~P. ~~\| nazwisko4 =~~ Lopez, ~~\| imię4 = P~~PW. ~~\| nazwisko5 =~~ Holland, ~~\| imię5 = PW~~D. ~~\| nazwisko6 =~~ Casane ~~\| imię6 = D.~~ \| tytuł = Phylogenomics of eukaryotes: impact of missing data on large alignments \| czasopismo = Molecular Biology and Evolution \| wolumin = 21 \| wydanie = 9 \| ~~strony~~s = 1740-52 \| ~~rok~~data = 2004 \| doi = 10.1093/molbev/msh182 \| pmid = 15175415 \|język=en}}</ref><ref>{{Cytuj pismo \| nazwisko = Jeffroy \| imię = O. \| nazwisko2 = Brinkmann \| imię2 = H. \| nazwisko3 = Delsuc \| imię3 = F. \| nazwisko4 = Philippe \| imię4 = H. \| tytuł = Phylogenomics: the beginning of incongruence? \| czasopismo = Trends in Genetics \| wolumin = 22 \| wydanie = 4 \| strony = 225-31 \| rok = 2006 \| doi = 10.1016/j.tig.2006.02.003 \| pmid = 16490279 \|język=en}}</ref> * Integracja analiz genomu i rekonstrukcji ewolucyjnej<ref>{{Cytuj pismo \| nazwisko = Eisen \| imię = JA. \| nazwisko2 = Fraser \| imię2 = CM. \| tytuł = Phylogenomics: intersection of evolution and genomics. \| czasopismo = Science \| wolumin = 300 \| wydanie = 5626 \| strony = 1706-7 \| rok = 2003 \| doi = 10.1126/science.1086292 \| pmid = 12805538 \|język=en}}</ref><ref>{{Cytuj pismo \| nazwisko = Eisen \| imię = JA. \| nazwisko2 = Hanawalt \| imię2 = PC. \| tytuł = A phylogenomic study of DNA repair genes, proteins, and processes \| czasopismo = Mutation Research/DNA Repair \| wolumin = 435 \| wydanie = 3 \| strony = 171-213 \| rok = 1999 \| doi = 10.1016/S0921-8777(99)00050-6 \| pmid = 10606811}}</ref> * Użycie drzewa filogenetycznego do przewidywania [[poziomy transfer genów\|poziomego transferu genów]] w skali genomu<ref>{{Cytuj pismo \| nazwisko = Whitaker \| imię = JW. \| nazwisko2 = McConkey \| imię2 = GA. \| nazwisko3 = Westhead \| imię3 = DR. \| tytuł = The transferome of metabolic genes explored: analysis of the horizontal transfer of enzyme encoding genes in unicellular eukaryotes. \| czasopismo = Genome Biology \| wolumin = 10 \| wydanie = 4 \| strony = R36 \| rok = 2009 \| doi = 10.1186/gb-2009-10-4-r36 \| pmid = 19368726 \|język=en}}</ref>

Filogenomika: Różnice pomiędzy wersjami