Ze względu nie niekorzystne parametry drogi wodnej na Nogacie (m.in. zbudowany w 2006 roku niski most drogowy w miejscowości [[Kępki]], uniemożliwiający przepływanie jednostek o wysokości powyżej 4 metrów przy średnim stanie rzeki), Kanał Jagielloński utracił wcześniejsze znaczenie transportowe.
W 1483, Nogat wpływający bezpośrednio do rzeki Elbląg i zamulający elbląski port Nogatskierowano w miejscowości Wierciny skierowano na północ, wprost do Zalewu Wiślanego. Ponieważ utracono w ten sposób również najkrótsze połączenie wodne z Wisłą, w 1494–1495 wybudowano '''Kanał Krafulski''', łączący Nogat z portem w Elblągu<ref>{{SgKP|IV|579|Krafuł}}</ref><ref>{{Cytuj |autor = Cezary Wawrzyński |tytuł = Żegluga i kanały żeglowne dawnej Rzeczypospolitej |data = 2019 |data dostępu = 2019-06-02 |isbn = 9788360488690 |miejsce = Olsztyn |oclc = 1098226897}}</ref>; od tej pory możliwe się stało przeciąganie jednostek wodnych przez ludzi i zwierzęta pociągowe. Łukowaty kształt Kanału i jego ujście do rzeki pod dużym kątem wynikają z poprowadzenia go wzdłuż jednego z ówczesnych ujść rzeki Elbląg. Obecnie pod mostem w miejscowości [[Bielnik Drugi]] znajdują się oryginalne otwarte i zablokowane kotwami wrota przeciwpowodziowe, będące pozostałością po zbudowanej na przełomie lat 1897/1898 śluzie<ref>{{Cytuj |autor = Cezary Wawrzyński |tytuł = Osiem wieków wschodniopruskiej żeglugi, kanałów i dróg wodnych |data = 2014 |data dostępu = 2019-06-02 |isbn = 9788360488454 |miejsce = Olsztyn |wydawca = Edytor Wers |oclc = 890376799}}</ref>, jednej z dwu istniejących w tym miejscu (oddzielnie dla małych i dużych jednostek).
Zgodnie z Rozporządzeniem Rady Ministrów z 2002 r. ws. klasyfikacji śródlądowych dróg wodnych kanał ten ma klasę II<ref>{{Dziennik Ustaw |rok=2002 |numer=77 |pozycja=695}}</ref>.
