Do końca [[Lata 80. XX wieku|lat 80. XX wieku]] Akajew był niezaangażowanym politycznie naukowcem i profesorem fizyki. W 1987 został wiceprezesem Kirgiskiej Akademii Nauk, by dwa lata później objąć stanowisko jej prezesa. Wtedy również został deputowanym do [[Rada Najwyższa ZSRR|Rady Najwyższej ZSRR]]. Przypisuje mu się autorstwo pomysłu [[Wspólnota Niepodległych Państw|Wspólnoty Niepodległych Państw]]. 27 października 1990 został wybrany na pierwszego i jedynego [[Prezydenci Kirgistanu|prezydenta Kirgiskiej SRR]]. Pełniąc ten urząd, doprowadził swój kraj do ogłoszenia niepodległości 31 sierpnia 1991. Nie mając żadnych kontrkandydatów, zwyciężył w wyborach prezydenckich w październiku 1991, zdobywając 95% głosów. Był powtórnie wybierany w latach 1995 i 2000, choć wskazywano wtedy na naruszenia procedury wyborczej.
W toku swojej prezydentury zaczął przejawiać coraz silniejsze dążenia autorytarne, które wywołały masowe protesty w 2002, gdy Akajew był wzywany do rezygnacji z urzędu. Pod silną presją społeczną Akajew obiecał, iż ustąpi po upływie trzeciej kadencji w 2005. W 2003 roku Zgromadzenie Ustawodawcze, izba niższa kirgiskiego parlamentu, zapewniło mu dożywotni [[immunitet]].
