W sezonie [[Formuła 1 Sezon 2009|2009]] doszło do zmiany przepisów. Do Formuły 1 powróciły opony typu slick a aerodynamika bolidów została ograniczona. W pierwszych dziewięciu wyścigach zdobył 11 punktów. Podczas rozpoczynającego sezon [[Grand Prix Australii 2009|Grand Prix Australii]] został wykluczony z wyników pierwszego wyścigu, ponieważ wprowadził sędziów w błąd przy wyjaśnianiu kontrowersyjnego manewru wyprzedzania [[Jarno Trulli|JarnoJarna Trullego]] pod koniec wyścigu. Podczas [[Grand Prix Wielkiej Brytanii 2009|Grand Prix Wielkiej Brytanii]] zajął 16. miejsce. Hamilton odniósł zwycięstwo w [[Grand Prix Węgier 2009|Grand Prix Węgier]]. Był to pierwszy triumf samochodu wyposażonego w system [[Hamowanie rekuperacyjne|KERS]], którysprawiającego w tamtym sezonie sprawiał potężne problemy zespołom, które zdecydowały się zainstalować go w swoich samochodach. Pierwsze symptomy znaczącej poprawy formy [[McLaren]]a pojawiły się już dwa tygodnie wcześniej, podczas [[Grand Prix Niemiec 2009|Grand Prix Niemiec]], gdzie Hamilton startował z piątego miejsca, ale w pierwszym zakręcie w trakcie walki z [[Mark Webber|Markiem Webberem]] wyjechał za szeroko,przebijająci przebił oponę. Hamilton odniósł jeszcze jedno zwycięstwo podczas [[Grand Prix Singapuru 2009|Grand Prix Singapuru]]. Nie ukończył wyścigów w wyniku karambolu w [[Grand Prix Belgii 2009|Belgii]], wypadku we [[Grand Prix Włoch 2009|Włoszech]],orazi awarii hamulców w ostatnim wyścigu w [[Grand Prix Abu Zabi 2009|Abu Zabi]]. W sumie Mistrzostwamistrzostwa zakończył na piątym miejscu z 49 punktami, pięciokrotnie zajmujączająwszy miejsce na podium i czterokrotnie zdobywajączdobywszy Polepole Positionposition. Po odejściu z zespołu [[Heikki Kovalainen|Heikkiego Kovalainena]] nowym partnerem zespołowym Hamiltona został Mistrzmistrz Świataświata z sezonu [[Formuła 1 Sezon 2009|2009]], Brytyjczyk [[Jenson Button]].
