[[Plik:Bodø 1890.jpg|mały|lewo|Bodø u schyłku XIX wieku]]
Osadnictwo nad cieśniną Saltstraumen sięga 10 tys. lat dzięki dobrym warunkom połowowym.<ref name=histo>{{Cytuj stronę| url = http://www.bodo.no/wips/1922766112/| tytuł = Historie| język = no| opublikowany = bodo.no| archiwum = https://web.archive.org/web/20150402145105/http://www.bodo.no/wips/1922766112/| zarchiwizowano = 2015-04-02| data dostępu = 2021-06-15}}</ref>. Na terenie gminy znajdują się jedne z najstarszych zachowanych rzeźb naskalnych w Norwegii.{{r|histo}}.
W 1816 Bodø uzyskało status miasta targowego ("kjøpstad").<ref name=bodo>{{Cytuj stronę| url = http://bodo.kommune.no/bodoes-historie/category4183.html| tytuł = Bodøs historie| język = no| opublikowany = bodo.kommune.no| archiwum = https://web.archive.org/web/20130709160341/http://bodo.kommune.no/bodoes-historie/category4183.html| zarchiwizowano = 2013-07-09| data dostępu = 2021-06-15}}</ref>. Według założeń, Bodø miało obsługiwać eksport ryb z północnej Norwegii i stanowić alternatywę dla portu w [[Bergen]], jednakże miasto rozwijało się słabo i w latach 1850-tych rozważano pozbawienie praw miejskich.{{r|histo}}. Szybszy rozwój Bodø rozpoczał się ok. 1870 roku w związku ze zwiększonym połowem śledzi.{{r|histo}}. Od 1865 do 1890 populacja miasta wzrosła z 519 do 3656.{{r|histo}}.
Podczas [[Kampania norweska|niemieckiej inwazji na Norwegię]] w czasie [[II wojna światowa|II wojny światowej]], Niemcy zbombardowali Bodø 27 maja 1940.<ref name=nfk>{{Cytuj stronę| url = https://www.nfk.no/fylkesleksikon/innhold/kommuner/bodo/bombingen-av-bodo-under-2-verdenskrig.852127.aspx| tytuł = Bombingen av Bodø under 2. verdenskrig| język = no| opublikowany = nfk.no| archiwum = https://web.archive.org/web/20190130122135/https://www.nfk.no/fylkesleksikon/innhold/kommuner/bodo/bombingen-av-bodo-under-2-verdenskrig.852127.aspx| zarchiwizowano = 2019-01-30| data dostępu = 2021-06-15}}</ref>. Naloty zniszczyły m.in. lotnisko i 420 domów{{r|nfk}}, zginęłow tym fabryki, banki, sklepy, magazyny, szkoły, urzędy miejskie i szereg zabytków<ref name=nrk>{{Cytuj stronę| url = https://www.nrk.no/nordland/80-ar-siden-luftwaffe-slapp-bomber-over-bodo-under-2.-verdenskrig-1.15029610| tytuł = 80 år siden Bodø ble ødelagt: – Var i modus for å bli bombet| język = no| opublikowany = nrk.no| data dostępu = 2021-06-15}}</ref>. Zginęło 15 osób.{{r|nfk}} (13 Norwegów i dwóch żołnierzy brytyjskich), a 3700 osób straciło dach nad głową{{r|nrk}}. 1 czerwca 1940 Niemcy wkroczyli do miasta i rozpoczął się okres okupacji niemieckiej.{{r|nfk}}. Bodø było jednym z najbardziej zniszczonych miast norweskich w II wojnie światowej.{{r|histo}}.
W 1968 do gminy Bodø włączono gminę Bodin, do której z kolei w 1964 włączono Kjerringøy.{{r|bodo}}. W 2005 do gminy Bodø włączono Skjerstad.{{r|bodo}}.
