Instytut był związany z kilkoma skandalami polityczno-finansowymi z lat 80.; w ostatnich latach jest także inwigilowany przez włoskie władze prowadzące sprawę nt. [[pranie pieniędzy|prania pieniędzy]]<ref>[{{Cytuj stronę | url = https://web.archive.org/web/20100926095824/http://www.tvn24.pl/12691,1674493,0,1,swiat/watykan-zdziwiony-zajeciem-23-mln-euro,wiadomosc.html-ra146723-3590383 | tytuł = Watykan zdziwiony zajęciem 23 mln euro –| Światdata –= Informacje – portal TVN24.pl – 21.09.2010<!-09-21 Tytuł| wygenerowanydata przezdostępu bota= 2022-02->].22}}</ref><ref>[http://wiadomosci.gazeta.pl/wiadomosci/1,114881,11911630,_Gdyby_mi_sie_cos_stalo___Tajemnice_tajnej_teczki.html „Gdyby mi się coś stało”: Tajemnice tajnej teczki bankiera Watykanu. Bał się o życie – portal Gazeta.pl – 11.06.2012].</ref>. 24 czerwca 2013 powołana została przez papieża [[Franciszek (papież)|Franciszka]] pięcioosobowa komisja, pod kierownictwem kard. [[Raffaele Farina|Raffaele Fariny]], do zbadania działalności tej instytucji<ref>[http://www.elmundo.es/elmundo/2013/06/26/internacional/1372264036.html ''El obispo espanol del Opus Dei que 'limpiará' las cuentas'' – www.elmundo.es].</ref><ref>[http://www.vatican.va/holy_father/francesco/letters/2013/documents/papa-francesco_20130624_chirografo-commissione-ior_it.html ''CHIROGRAFO DEL SANTO PADRE FRANCESCO PER L’ISTITUZIONE DI UNA PONTIFICIA COMMISSIONE REFERENTE SULL’ISTITUTO PER LE OPERE DI RELIGIONE'' – www.vatican.va].</ref>.
