Metzig urodził się 20 maja 1804 w Skwierzynie, dzisiaj mieście polskim, znajdującym się w [[województwo lubuskie|województwie lubuskim]]. Wówczas była to miejscowość zamieszkana w większości przez Niemców, nosząca nazwę Schwerin an der Warthe. Johann Christian Metzig był synem osiadłych w Skwierzynie mieszczan wyznania [[ewangelicy|wyznaniaKościoły ewangelickie|ewangelickiego]]: Johanna Ernesta Wilhelma Metziga i Friderike Wilhelmine z domu Köttwitz. Przodkowie Johanna Christiana Metziga wywodzili się ze [[Śląsk]]a. Jego pradziad – Johann Gottfrid Metzig był organistą w [[Lubiatów (powiat złotoryjski)|Lubiatowie]], a dziadek – Christian Metzig – był pastorem w [[Kożuchów|Kożuchowie]]. Ojciec późniejszego lekarza sprawował funkcję burmistrza miasta Schwerin an der Warthe (niektóre źródła podają, iż był burmistrzem [[Trzciel]]a). Od 1808 sprawował funkcję adwokata i sędziego, a od 1815 komisarza sprawiedliwości w pobliskim [[Międzyrzecz]]u. Matka była córką kapitana armii pruskiej, adiutanta w Instytucie Inwalidów w [[Berlin]]ie. Johann Christian Metzig miał cztery siostry: Charlotte (ur. 1802), Johanne Fredrich (ur. 1803), Therese Ludwig (ur. 1812) oraz Wilhelmine<ref name= "wimbp">{{cytuj stronę| url =http://www.wimbp.gorzow.pl/?art=103223 | tytuł =Dr Johann Metzig – Europejczyk i orędownik spraw Polski w XIX wieku | data dostępu = 2014-08-20| opublikowany = Wojewódzka i Miejska Biblioteka Publiczna im. Zbigniewa Herberta w Gorzowie Wielkopolskim | data = 19 grudnia 2013 | język = pl}}</ref>.
Metzig początkowo uczył się w domu, następnie pobierał nauki i rektora Schönborna w Międzyrzeczu. Przez pewien czas mieszkał w klasztorze katolickim Neuzelle pod Berlinem. Następnie trafił do gimnazjum joachimstalskiego w Berlinie. Ukończył je w 1822<ref name= "wimbp"/>.
