W 2004 dobrowolnie się poddał się i został przeniesiony do siedziby trybunału w Hadze, gdzie w marcu 2008 rozpoczął się wspólny proces jego oraz Ante Gotoviny i [[Ivan Čermak|Ivana Čermaka]] (proces Gotovina i in. (IT-06-90) „Operacja Burza”). 15 kwietnia 2011 został skazany na 18 lat więzienia za zbrodnie wojenne i zbrodnie przeciwko ludzkości popełnione na ludności serbskiej oraz serbskim oddziałom rebelianckim<ref name="icty2">{{Cytuj | autor = Międzynarodowy Trybunał Karny dla byłej Jugosławii | tytuł = Decision on joint defence motion to strike the prosecution’s further clarification of identity of victims | url = https://www.icty.org/x/cases/gotovina/tdec/en/081009.pdf | miejsce = Haga | data = 2008-10-09 | język = en}}</ref>. W akcie oskarżenia sformułowano zarzut utworzenia wspólnego przedsięwzięcia przestępczego, którego celem było trwałe wysiedlenie ludności serbskiej poprzez popełnienie przestępstw (grabieży, nieludzkiego traktowania, morderstw, prześladowania) oraz zapobieganie ich powrotowi. W tym samym procesie Gotovina został skazany na 24 lata więzienia, a Čermak uniewinniony. 16 listopada 2012 Izba Apelacyjna MTK decyzją większości członków w stosunku 3-2 uniewinniła obu generałów od wszystkich zarzutów stwierdzając, że prokuratura nie udowodniła istnienia wspólnego przedsięwzięcia karnego, a Izba Orzekająca zidentyfikowała i nie omówiła innych rodzajów odpowiedzialności<ref name="icty3">{{Cytuj | autor = Izba Apelacyjna Międzynarodowego Trybunału Karnego dla byłej Jugosławii | tytuł = Appeals Judgement Summary for Ante Gotovina and Mladen Markač | url = https://www.icty.org/x/cases/gotovina/acjug/en/121116_summary.pdf | miejsce = Haga | data = 2012-11-16 | język = en}}</ref>.
