Kryptografia asymetryczna została oficjalnie wynaleziona przez cywilnych badaczy [[Martin Hellman|Martina Hellmana]], [[Whitfield Diffie|Whitfielda Diffie]] w [[1976]] roku. Prawie równolegle prototyp podobnego systemysystemu stworzył [[Ralph Merkle]] – w 1974 roku zaproponował algorytm wymiany kluczy, nazwany [[Puzzle Merkle'a|puzzlami Merkle'a]]<ref>{{cytuj książkę|nazwisko=Schneier|imię=Bruce|autor link=Bruce Schneier |tytuł=Kryptografia dla praktyków. Protokoły, algorytmy i programy źródłowe w języku C|wydanie=2|wydawca=Wydawnictwa Naukowo Techniczne|miejsce=Warszawa|rok=2002|strony=51-81|rozdział=Elementy budowy protokołów|isbn=83-204-2678-2|język=pl}}</ref>. Dopiero pod koniec XX wieku [[Wielka Brytania|brytyjska]] służba wywiadu elektronicznego [[Government Communications Headquarters|GCHQ]] ujawniła, że pierwsza koncepcja systemu szyfrowania z kluczem publicznym została opracowana przez jej pracownika [[James Ellis|Jamesa Ellisa]] już w 1965 roku, a działający system stworzył w 1973 roku [[Clifford Cocks]], również pracownik GCHQ<ref name="Levy1">{{Cytuj książkę|nazwisko=Levy|imię=Steven|tytuł=Rewolucja w kryptografii|data=2002|wydawca=Wydawnictwa Naukowo-Techniczne|miejsce=Warszawa|isbn=83-204-2757-6|strony=314-331}}</ref>. Odkrycia te były jednak objęte klauzulą tajności do 1997 roku. Obecnie kryptografia asymetryczna jest szeroko stosowana do wymiany informacji poprzez kanały o niskiej poufności jak np. [[Internet]]. Stosowana jest także w systemach elektronicznego uwierzytelniania, obsługi [[Podpis cyfrowy|podpisów cyfrowych]], do szyfrowania poczty ([[OpenPGP]]) itd.
