W 1962 roku na skutek wymiany terytorialnej zmniejszono granice z Indiami a zwiększono granicę z ChRL. Gdy Pekin planował dokonać [[Wojna chińsko-indyjska|inwazji na północne obszary Indii]], premier Chin [[Zhou Enlai]] i Mao Zedong zaproponowali Pakistanowi aby kraj ten dołączył się do ataku i tym samym zdobył resztę kontrolowanego przez Indie Kaszmiru. Bhutto początkowo był przychylny chińskiemu pomysłowi jednak prezydent Ayub Khan sprzeciwił się pomysłowi ze względu na obawę indyjskiego kontrataku. Ayub Khan na wypadek chińskiej agresji zaproponował Indiom „wspólną obronę”, co Bhutto uznał za nieznajomość reali polityki międzynarodowej prezydenta. Bhutto był świadomy tego że mimo członkostwa Pakistanu w zachodnich, sojuszach antykomunistycznych, Chiny powstrzymały się od krytyki Pakistanu.
W 1962 roku, Stany Zjednoczone zapewniły Pakistan, że sprawa Kaszmiru zostanie rozwiązana zgodnie z życzeniem Pakistańczyków i Kaszmirczyków, stąd też Ayub Khan ostatecznie odmówił udziału Pakistanu w chińskim planie<ref>Suraiya, Jug (14 May 2011). "Dealing with a Superpower by Zulfiqar Ali Bhutto". Bombay Times. The Times Group of India</ref>. Bhutto skrytykował USA za dostarczenie Indiom pomocy wojskowej, w trakcie i po zakończeniu wojny Indii z Chinami. Decyzję USA postrzegał jako uchylenie amerykańskiego sojuszu z Pakistanem (w tym samym czasie premier Indii [[Jawaharlal Nehru]] wycofał się z kierunku proamerykańskiego). Khan wykorzystując spięcia między USA a Indiami rozpoczął lotniczą operację ''Gibraltar'', akcja nie powiodła się jednak a Siły Zbrojne Indii [[Wojna indyjsko-pakistańska (1965)|zaatakowały na pełną skalę Pakistan Zachodni]].
Wojna była następstwem krótkich potyczek mających miejsce między marcem a sierpniem 1965 roku w pobliżu granic w Rann, Kaszmirze i Pendżabie. Bhutto dołączył do Ayuba który w [[Taszkent|Taszkencie]] gdy ten negocjował traktat pokojowy z indyjskim premierem [[Lal Bahadur Shastri|Lal Bahadurem Shastri]]. Ayub i Shastri zgodzili się na wymianę jeńców wojennych i wycofanie wojsk do granic przedwojennych. Umowa była jednak w Pakistanie bardzo niepopularna i wywołała serię protestów przeciwko Ayubowi. Umowę z Taszkentu skrytykował też Bhuto - doprowadziło to do zgrzytu miedzy nim a Khanem. Bhutto w czerwcu 1966 roku zrezygnował ze stanowiska ministra i przeszedł do opozycji<ref>[http://countrystudies.us/pakistan/18.htm US Country Studies. "Ayub Khan" (PHP)]</ref>.
W czasie swojej kadencji, Bhuttoznany był znany z twardego formułowania geostrategicznej i zagranicznej polityki względem Indii. W 1965 roku jego przyjaciel Bhutto, Munir Ahmad Khan poinformował o osiągnięciach indyjskiego programu nuklearnego oraz poinformował o ambicjach budowy przez ten kraj broni jądrowej, informacje te potwierdziły się w 1974 roku gdy przeprowadzono próbę znaną jako ''szczęśliwy Budda''. Bhutto w 1965 roku stwierdził nieoficjalnie o tym że Indie budują bomby atomowe i w odpowiedzi na program atomowy tego kraju, Pakistanto powinien uruchomić własny program.
W swojej książce, ''Mit niepodległości'' opublikowanej w 1969 roku, Bhutto postawił tezę według której aby nie ulec Indiom i krajom uprzemysłowionym, Pakistan powinien rozpocząć własny program. Bhutto na organizatorów programu wybrał Munira Ahmada Khana i laureata [[Nagroda Nobla|Nagrody Nobla]] [[Abdus Salam|Abdusa Salama]]<ref>[http://www.nuclearweaponarchive.org/Pakistan/PakOrigin.html Sublettle, Carey (2 January 2002 (original date: 15 October 1965)). "Historical Background: Zulfikar Ali Bhutto". Nuclear weapons archives. Federation of American Scientists (FAS). Retrieved 25 June 2011]</ref><ref>Bhutto, Zulfikar Ali Bhutto, The Myth of Independence: §Minimum Credible Deterrence, s. 196–399, published year:1969</ref>.
