Ostatni koncert dał 7 marca 1999 w Duesseldorfie, a ostatnim granym utworem byładyrygując [[III symfonia Mendelssohna|SymfoniaSymfonią nr 3 a-moll Mendelssohna]]<ref>{{Cytuj stronę | url = http://www.archiwum.wyborcza.pl/Archiwum/1,0,4021235,20040405KR-DLO,Yehudi_Menuhin,.html | tytuł = Yehudi Menuhin | data = 2004-04-05 | data dostępu = 2015-06-17}}</ref>. Zmarł 12 marca 1999 w Berlinie na zawał serca, podczas europejskiej trasy koncertowej z orkiestrą [[Sinfonia Varsovia|Sinfonią Varsovią]]<ref>{{Cytuj stronę | url = http://culture.pl/pl/artykul/yehudi-menuhin-1916-1999-dyrygent-sinfonii-varsovii | tytuł = Yehudi Menuhin (1916-1999) - dyrygent Sinfonii Varsovii | data = 2014-05-05 | opublikowany = culture.pl | data dostępu = 2015-06-17}}</ref>. Został pochowany w Londynie. Pogrzeb odbył się zgodnie z obrządkiem judaistycznym.
