Był dziesiątym (a zarazem siódmym synem, który przeżył dzieciństwo) synem [[Ernest I Pobożny|Ernesta I Pobożnego]] i [[Elżbieta Zofia Sachsen-Altenburg|Elżbiety Zofii Sachsen-Altenburg]]. W [[1675]] roku po śmierci ojca Jan. Ernest rządził księstwem Sachsen-Gotha-Altenburg początkowo wspólnie ze swoimi sześcioma starszymi braćmi, zgodnie z wolą ojca, lecz w [[1680]] roku bracia podzielili się ojcowską ziemią, więc Jan Ernest jako najmłodszy z nich był w posiadaniu najmniejszej części ziemi - [[Saksonia-Saalfeld|Saksonii-Saalfeld]], oraz zarządzał miastami Gräfenthal, Probstzellą i Pössneck, nie był z tego zadowolony, ponieważ miał kłopoty finansowe, lecz nie tylko on ale również jeden z jego braci [[Ernest Sachsen-Hildburghausen]], a najstarszy [[Fryderyk Sachsen-Gotha-Altenburg|Fryderyk]] posiadał największą część ziemi po ojcu, co doprowadziło do sporu. Wiele lat później kłopoty finansowe Jana Ernesta się skończyły, gdyż w wyniku bezpotomnej śmierci Alberta V, księcia [[Sachsen-Coburg]], w [[1699]] roku, Henryka, księcia [[Sachsen-Römhild]], w [[1710]] roku i Chrystiana, księcia [[Sachsen-Eisenberg]], w [[1707]] roku. Jan Ernest przejął po nich schedę.
