Po raz pierwszy duchowni katoliccy odwiedzili tereny późniejszego stanu Missisipi w XVII w. Było to podczas wypraw badawczych [[René-Robert Cavelier de La Salle|La Salle'aSalle’a]], [[Jacques Marquette|Marquette'aMarquette’a]] i [[Pierre Le Moyne d'Ibervilled’Iberville|d'Iberville'ad’Iberville’a]]. W końcu wieku XVIII trzech misjonarzy hiszpańskich utworzyło misje katolickie w okolicach [[Natchez (Missisipi)|Natchez]]. Jednak kiedy w roku 1783 tereny te przejęły Stany Zjednoczone, misje zostały opuszczone, a własność Kościoła skonfiskowano. Przez wiele lat katolicy z Natchez pozostawali bez opieki duszpasterskiej. By temu zaradzić [[18 lipca]] [[1826]] roku utworzono '''Wikariat Apostolski Missisipi''', który obejmował terytorium stanu o tej samej nazwie. Wikariuszem został dotychczasowy biskup Luizjany i Obu Floryd (późniejsza [[archidiecezja Nowy Orlean]], pod którą podlegały do tej pory tereny Missisipi) [[Louis-Guillaume-Valentin Dubourg]] [[Sulpicjanie|PSS]], który niedługo później powrócił do swej ojczystej [[Francja|Francji]]. [[28 lipca]] [[1837]] [[wikariat apostolski]] podniesiono do rangi '''diecezji''' z siedzibą w '''Natchez'''. Pierwszym ordynariuszem został [[Sulpicjanie|sulpicjański]] kapłan pochodzący z [[Baltimore]] [[John Joseph Mary Benedict Chanche]] (1795-1852). Gdy przybył on do swej diecezji zastał tylko jednego kapłana, który na dodatek pracował tam tymczasowo. Kamień węgielny pod budowę katedry NMP w Natchez położono w roku 1842. W chwili śmierci bpa Chanche diecezja posiadała 11 księży, 11 kościołów i 13 misji. W połowie XX w. zaczęto uważać, że bardziej odpowiednim miastem do sprawnego administrowania diecezją będzie stolica stanu, miasto Jackson. Z tego powodu w roku 1947 przeniesiono tam władze diecezji i kurię. [[18 grudnia]] [[1956]] diecezja oficjalnie zmieniła nazwę na '''Natchez-Jackson''', a od [[1 marca]] [[1977]] nosi nazwę '''diecezja Jackson'''. Tego samego dnia wyodrębniona została również [[diecezja Biloxi]]. Na nową katedrę diecezjalną wybrano kościół św. Piotra Apostoła, który wybudowano w roku 1900.
