Głównym bohaterem gry jest Desmond Miles żyjący w XXI wieku. Jest on zwykłym barmanem[[barman]]em, który pewnego dnia zostaje porwany przez tajemniczą organizację Abstergo Industries i umieszczony w Animusie – maszynie, która służy do odczytywania pamięci genetycznej przodków. Szybko okazuje się, że Abstergo to współczesny [[Templariusze|zakon templariuszy]], którzy po dzień dzisiejszy prowadzą walkę ze swoimi odwiecznymi wrogami, [[Nizaryci|asasynami]]. Desmond zostaje zmuszony do korzystania z Animusa i wciela się w życie swojego przodka Altaïra. Gracz przenosi się wtedy do 1191 roku i wykonuje misje jako Altaïr<ref name="gol_rec">{{Cytuj stronę | url = http://www.gry-online.pl/S020.asp?ID=4825 | tytuł = Assassin’s Creed: Wersja Reżyserska – recenzja gry | opublikowany = Gry-Online | data dostępu = 2014-04-03}}</ref>.
