Data założenia [[opactwo|opactwa]] [[benedyktyni|benedyktynów]] na Łysej Górze nie jest znana. Tradycja benedyktyńska przypisuje fundację [[Bolesław I Chrobry|Bolesławowi Chrobremu]] w [[1006]] roku. Pewnym jest, że klasztor założonyzbudowany został w I poł. XII wieku przez [[Bolesław III Krzywousty|Bolesława Krzywoustego]],. początkowoPoczątkowo pw. [[Trójca Święta|Świętej Trójcy]], od XV wieku pw. Świętego Krzyża. Od 1306 r. przechowywano tam fragmenty [[Świętokrzyskie relikwie drzewa krzyża świętego|relikwii Krzyża Świętego]]{{r|DEO}}. W kaplicy Oleśnickich przechowywana jest znaczna cząstka [[świętokrzyskie relikwie drzewa krzyża świętego|relikwii Krzyża Świętego]] podarowana przez [[Święty Emeryk|Emeryka]], królewicza z Węgier. W połowie XV wieku kościół romański rozbudowano od strony wschodniej i zachodniej w stylu gotyckim. W okresie panowania dynastii Jagiellonów, było to najważniejsze sanktuarium religijne w Królestwie Polskim. Siedmiokrotnie odwiedzał je [[Władysław Jagiełło]] (m.in. w drodze na koronację w Krakowie oraz w drodze pod Grunwald), dziesięciokrotnie przebywał w klasztorze był król [[Kazimierz Jagiellończyk]], sześciokrotnie król [[Zygmunt Stary]], trzykrotnie król [[Zygmunt August]]. Dnia 22 marca 1661 roku, jak podawała najstarsza polska gazeta [[Merkuriusz Polski Ordynaryjny]], król polski [[Jan II Kazimierz Waza]] wraz z małżonką oraz dworem zmierzając do [[Warszawa|Warszawy]] wstąpił do sanktuarium{{r|Merkuriusz Polski Ordynaryjny}}. W połowie XVII wieku rozpoczęto barokową przebudowę kościoła dodając do gotyckiego korpusu dwie barokowe wieże na fasadzie. W 1655 roku kościół złupili Szwedzi, którzy wymordowali część zakonników. W 1701 roku ukończono budować zachodnie skrzydło klasztorne. Ponownie Szwedzi zajęli kościół i klasztor w 1704 roku. W październiku 1777 roku gotycko-barokowy kościół i klasztor spłonęły w pożarze. Wkrótce przystąpiono do budowy trzeciego kościoła w stylu barokowo-klasycystycznym, który konsekrowanowybudowano w 1806latach r1781-1789.
W 1819 roku skasowano klasztor, który przeszedł na własność rządu Królestwa Polskiego. Od 1853 roku mieścił się tu Instytut Księży Zdrożnych, który po Powstaniu styczniowym zaborcy rosyjscy przekształcili w ciężkie więzienie kryminalne. W 1914 roku Austriacy wysadzili wieżę kościelną. Od [[1936]] mieścił się tu klasztor i nowicjat [[oblaci|Misjonarzy Oblatów Maryi Niepokalanej]], jednak w budynku dzisiejszego muzeum do 1939 roku nadal funkcjonowało "Więzienie ciężkie". Do 1937 roku osadzony w nim był [[Sergiusz Piasecki]], który w celi zaczął pisać słynną powieść "[[Kochanek Wielkiej Niedźwiedzicy]]". We wrześniu 1939 roku klasztor został zbombardowany przez [[Luftwaffe]] i częściowo zniszczony. W latach 1941-1944 Niemcy w klasztorze więzili jeńców radzieckich. Obecnie obiekt jest udostępniony do zwiedzania{{r|Świętokrzyski Szlak Archeo}}.
[[16 czerwca]] [[2013]] sanktuarium podniesiono do godności bazyliki mniejszej{{r|Uroczystość nadania tytułu}}. W 2014 roku ukończono rekonstrukcję kościelnej wieży.▼
Po Powstaniu styczniowym Rosjanie otworzyli w klasztorze ciężkie więzienie.
Od [[1936]] mieści się tu klasztor i nowicjat [[oblaci|Misjonarzy Oblatów Maryi Niepokalanej]]. Obecnie jest udostępniony do zwiedzania{{r|Świętokrzyski Szlak Archeo}}. We wrześniu 1939 roku klasztor został zbombardowany przez [[Luftwaffe]].
