Nico Van Kerckhoven zawodową karierę rozpoczynał w [[1990]] roku w zespole [[Lierse SK]]. Grał tam przez osiem sezonów, w czasie których wystąpił w 212 meczach i strzelił 23 gole. W sezonie [[1996]]/[[1997]] Nico wraz z ekipą "De Pallieters" wywalczył [[JupilerEerste LeagueKlasse|mistrzostwo kraju]], w tym samym roku zdobył także [[Superpuchar Belgii w piłce nożnej|Superpuchar Belgii]]. Latem [[1998]] roku Van Kerckhoven trafił do [[I liga niemiecka w piłce nożnej|Bundesligi]], gdzie podpisał kontrakt z [[Schalke 04 Gelsenkirchen]]. Razem z "Die Königsblauen" belgijski zawodnik dwa razy z rzędu zdobywał [[Puchar Niemiec w piłce nożnej|Puchar Niemiec]] - w [[2001]] i [[2002]] roku. Łącznie dla Schalke Van Kerckhoven w trakcie sześciu sezonów zaliczył 134 występy. Kolejnym klubem w karierze wychowanka Lierse była [[Borussia Mönchengladbach]], w której Nico występował w sezonie [[2004]]/[[2005]]. Zespół "Die Fohlen" zajął piętnastą lokatę w tabeli Bundesligi, a po zakończeniu sezonu Belg postanowił wrócić do kraju. Latem 2005 roku podpisał umowę z [[K.V.C. Westerlo]]. W drużynie tej od razu wywalczył sobie miejsce w podstawowej jedenastce, lecz Westerlo przez trzy lata z rzędu kończyło ligowe zmagania w środku tabeli.
