Partia założona została w 1956 roku. Pośród założycieli znaleźli się [[Amílcar Cabral]], [[Luís Cabral]] i [[Aristides Pereira]]. Ugrupowanie od początku przyjęło [[lewica|lewicowy]] charakter. Celem partii było wyzwolenie [[Gwinea Portugalska|Gwinei Portugalskiej]] i [[Wyspy Zielonego Przylądka (kolonia)|Wysp Zielonego Przylądka]] spod rządów [[Portugalia|portugalskich]] a następne zjednoczenie obu [[Kolonia (geografia polityczna)|kolonii]] w jedno państwo<ref name=PWN>{{encyklopedia PWN|id = 4574213|tytuł=Gwinea Bissau. Historia|data dostępu=2016-07-08}}</ref><ref name=GS>{{cytuj stronę|url=httphttps://www.globalsecurity.org/military/world/war/guineabissau.htm|tytuł =Guinea-Bissau War of Independence|opublikowany=globalsecurity.org|język=en}}</ref>. Początkowo PAIGC próbowała rozmów z władzami kolonialnymi, po tym gdy dialog okazał się bezowocny partia rozpoczęła przygotowania do powstania. W 1960 roku PAIGC przeniosło swoje struktury do [[Konakry]] w niepodległej już [[Gwinea|Gwinei]]<ref name=GS>{{cytuj stronę|url=httphttps://www.globalsecurity.org/military/world/war/guineabissau.htm|tytuł =Guinea-Bissau War of Independence|opublikowany=globalsecurity.org|język=en}}</ref>. Tam działacze przeszli przeszkolenie ideologiczno-militarne. Pierwsze grupy PAIGC uderzyły na wojska kolonialne w 1962 roku<ref name="AFRYKA4">{{cytuj stronę|url=http://afryka.org/afryka/amilcar-cabral--3---powrot-do-afryki,news/|tytuł = Amilcar Cabral (3): Powrót do Afryki|język=pl}}</ref>. Rok później wybuchła otwarta [[wojna o niepodległość Gwinei Bissau|wojna]] pomiędzy PAIGC a Portugalią. W 1965 roku ruch niepodległościowy utworzył własną armię - Rewolucyjne Siły Zbrojne Ludu<ref name="AFRYKA5">{{cytuj stronę|url=http://afryka.org/afryka/amilcar-cabral--4---wojna-i--8230--smierc,news/|tytuł = Amilcar Cabral (4): Wojna i… śmierć|język=pl}}</ref>. PAIGC w trakcie konfliktu otrzymała różnorakie wsparcie Gwinei<ref name=E>{{cytuj stronę|url=http://www.encyclopedia.com/doc/1G2-2873200056.html|tytuł = Aristides Pereira|opublikowany=encyclopedia.com|język=en}}</ref>, [[Senegal]]u<ref>''Guerrilla Strategies: An Historical Anthology from the Long March to Afghanistan'', 1982. s. 208.</ref>, [[Algieria|Algierii]]<ref>''Modern African Wars: Angola and Moçambique 1961–1974'', 1988. s. 12.</ref>, [[Libia|Libii]]<ref>''Imagery and Ideology in U.S. Policy Toward Libya 1969–1982'', 1988. s. 70.</ref>, [[Związek Socjalistycznych Republik Radzieckich|ZSRR]]<ref name=E>{{cytuj stronę|url=http://www.encyclopedia.com/doc/1G2-2873200056.html|tytuł = Aristides Pereira|opublikowany=encyclopedia.com|język=en}}</ref>, [[Chiny|Chin]]<ref>''Guerrilla Warfare: A Historical and Critical Study'', 1976. s. 362.</ref>, [[Kuba|Kuby]] (która wysłała doradców wojskowych) czy [[Skandynawia|krajów skandynawskich]]<ref name="AFRYKA5">{{cytuj stronę|url=http://afryka.org/afryka/amilcar-cabral--4---wojna-i--8230--smierc,news/|tytuł = Amilcar Cabral (4): Wojna i… śmierć|język=pl}}</ref>.
W styczniu 1973 roku w zamachu zginął Amílcar Cabral, za zabójstwem prawdopodobnie stali Portugalczycy. Wpływy po polityku przejął Luís Cabral<ref name="AFRYKA">{{cytuj stronę|url=http://afryka.org/afryka/cabral--komunizm-i-internacjonalizm,news/|tytuł= Cabral: Komunizm i internacjonalizm|data=2012-11-20|język=pl}}</ref> a formalnym przywódcą PAIGC został Pereira<ref name=E>{{cytuj stronę|url=http://www.encyclopedia.com/doc/1G2-2873200056.html|tytuł = Aristides Pereira|opublikowany=encyclopedia.com|język=en}}</ref>. 24 września 1973 powstańcy jednostronnie ogłosili niepodległość Gwinei Bissau. Niepodległość Gwinei Bissau uznało 34 państw<ref name=GS>{{cytuj stronę|url=httphttps://www.globalsecurity.org/military/world/war/guineabissau.htm|tytuł =Guinea-Bissau War of Independence|opublikowany=globalsecurity.org|język=en}}</ref>. Zakończenie walk umożliwiła portugalska [[rewolucja goździków]] do której doszło w kwietniu 1974 roku. W jej wyniku metropolia jeszcze we wrześniu zgodziła się uznać niepodległość Gwinei Bissau<ref name=PWN>{{encyklopedia PWN|id = 4574213|tytuł=Gwinea Bissau. Historia|data dostępu=2016-07-08}}</ref>. W niepodległej republice monopartyjną władzę objęła PAIGC a prezydentem został Cabral. W 1975 roku Portugalia nadała niepodległość Wyspom Zielonego Przylądka gdzie rządy analogicznie objęła PAIGC. Państwa prowadziły politykę współpracy i zapowiadały zjednoczenie. Sytuacja zmieniła się w 1980 roku gdy w Gwinei-Bissau odbył się [[zamach stanu]] w którym Cabral został obalony. Na skutek puczu wyspiarka sekcja PAIGC zerwała relacje z Gwineą Bissau kończąc tym samym zjednoczeniowe plany partii. Kabowerdyjska sekcja PAIGC przeistoczyła się w niezależną [[Afrykańska Partia na rzecz Niepodległości Zielonego Przylądka|Afrykańską Partię Niepodległości Zielonego Przylądka]] (PAIVC)<ref name=E>{{cytuj stronę|url=http://www.encyclopedia.com/doc/1G2-2873200056.html|tytuł = Aristides Pereira|opublikowany=encyclopedia.com|język=en}}</ref><ref name=E>{{cytuj stronę|url=http://www.encyclopedia.com/doc/1G2-2873200056.html|tytuł = Aristides Pereira|opublikowany=encyclopedia.com|język=en}}</ref><ref name=PWN>{{encyklopedia PWN|id = 4574213|tytuł=Gwinea Bissau. Historia|data dostępu=2016-07-08}}</ref>.
W 1991 roku PAIGC zrezygnował z monopartyjnych rządów i wprowadził system wielopartyjny. Pierwsze wolne wybory z 1994 roku okazały się sukcesem partii. W 1998 roku partia utraciła władzę w wyniku [[wojna domowa|wojny domowej]] i ponownie odzyskała ją w 2004 roku<ref name=PWN>{{encyklopedia PWN|id = 4574213|tytuł=Gwinea Bissau. Historia|data dostępu=2016-07-08}}</ref>.
