Filogenomika

Filogenomika[1] – dziedzina nauki będąca połączeniem wiedzy z ewolucji i genomiki[2]. Termin ten był używany w wielu znaczeniach do określenia niektórych typów analiz z udziałem danych genomu i rekonstrukcji ewolucyjnych, zwłaszcza filogenezy. Przykłady różnych znaczeń filogenomiki:

  • Przewidywanie funkcji genu w oparciu o historię jego ewolucji w drzewie filogenetycznym. Było to pierwotne znaczenie tego terminu, użytego przez biologa ewolucyjnego Jonathana Eisena. W celu przeglądu tego aspektu filogenomiki, patrz: Sjölander (2004)[3] oraz Brown i Sjölander (2006)[4].
  • Rekonstrukcja drzewa gatunku przez połączenie informacji z wielu genów lub całego genomu[5][6][7]
  • Integracja analiz genomu i rekonstrukcji ewolucyjnej[8][9]
  • Użycie drzewa filogenetycznego do przewidywania poziomego transferu genów w skali genomu[10]

Zobacz teżEdytuj

PrzypisyEdytuj

  1. Paweł Mackiewicz, Jolanta Zakrzewska-Czerwińska, Stanisław Cebrat. Genomika – dziedzina wiedzy XXI wieku. „Biotechnologia”. 3 (70), s. 7-21, 2005. 
  2. Hervé Philippe, Mathieu Blanchette. Overview of the First Phylogenomics Conference. „BMC Evolutionary Biology”. 7 (Suppl 1), s. S1, 2007. DOI: 10.1186/1471-2148-7-S1-S1 (ang.). 
  3. K. Sjölander. Phylogenomic inference of protein molecular function: advances and challenges. „Bioinformatics”. 20 (2), s. 170-9, 2004. PMID: 14734307 (ang.). 
  4. D. Brown, K. Sjölander. Functional classification using phylogenomic inference. „PLoS Computational Biology”. 2 (6), s. e77, 2006. DOI: 10.1371/journal.pcbi.0020077. PMID: 16846248 (ang.). 
  5. F. Delsuc, H. Brinkmann, H. Philippe. Phylogenomics and the reconstruction of the tree of life. „Nature Review Genetics”. 6 (5), s. 361-75, 2005. DOI: 10.1038/nrg1603. PMID: 15861208 (ang.). 
  6. H. Philippe i inni, Phylogenomics of eukaryotes: impact of missing data on large alignments, „Molecular Biology and Evolution”, 9, 21, 2004, s. 1740-52, DOI10.1093/molbev/msh182, PMID15175415 (ang.).
  7. O. Jeffroy, H. Brinkmann, F. Delsuc, H. Philippe. Phylogenomics: the beginning of incongruence?. „Trends in Genetics”. 22 (4), s. 225-31, 2006. DOI: 10.1016/j.tig.2006.02.003. PMID: 16490279 (ang.). 
  8. JA. Eisen, CM. Fraser. Phylogenomics: intersection of evolution and genomics.. „Science”. 300 (5626), s. 1706-7, 2003. DOI: 10.1126/science.1086292. PMID: 12805538 (ang.). 
  9. JA. Eisen, PC. Hanawalt. A phylogenomic study of DNA repair genes, proteins, and processes. „Mutation Research/DNA Repair”. 435 (3), s. 171-213, 1999. DOI: 10.1016/S0921-8777(99)00050-6. PMID: 10606811. 
  10. JW. Whitaker, GA. McConkey, DR. Westhead. The transferome of metabolic genes explored: analysis of the horizontal transfer of enzyme encoding genes in unicellular eukaryotes.. „Genome Biology”. 10 (4), s. R36, 2009. DOI: 10.1186/gb-2009-10-4-r36. PMID: 19368726 (ang.).