Kwestia funkcji rzeźby pozostaje wciąż nie rozwiązana. Wielu historyków sztuki zastanawiało się gdzie pierwotnie mógł znajdować się ów krucyfiks, gdyż jego obecne miejsce w ołtarzu raczej jest wtórne, aczkolwiek, z testamentu Henryka Slackera z roku [[1504]] wynika iż krucyfiks miałbyć umieszczony w ołtarzu Św. Krzyża w kościele Mariackim. Uważa sie, że krucyfiks mógł znajdować się na zewnątrz kościoła (podobnie jak krucyfiks w Baden - Baden Mikołaja z Lejdy, użycie wapienia a nie drewna może również mieć związki z umieszczeniem rzeźby na zewnątrz), mógł też tworzyć część [[Ogrójec|Ogrójca]] przy dawnej kaplicy cmentarnej, obecnie [[Kościół św. Barbary w Krakowie|kościele Św. Barbary]]. Istnieje również inna opinia, iż znajdował sie prawie w tym samym miejscu, tyle ze na tle okna pod określonym kątem - Chrystus nachylał się w stronę modlących. Od strony zewnętrznej widać ślady pierwotnego okna. Mówi się także o figurach Marii i Św. Jana które z naszym krucyfiksem mogły tworzyć całość kompozycji, zaś późniejsza panorama [[Jerozolima|Jerozolimy]] która jest tłem dla rzeźby , może sugerować istnienie podobnej kompozycji, w malarstwie niderlandzkim i dolnoreńskim XV i XVI wieku motyw ten był powszechnie znany.
Występująca często w literaturze nazwa '''''Krucyfiks Slackerowski''''' wywodzi się od [[mincerz]]a królewskiego Henryka Slackera, który prawdopodobnie był fundatorem dzieła.
