Dyrektywa zawiera sześć załączników<ref name=A>{{Cytuj stronę |url= http://www.eko.org.pl/lkp/prawo_html/ffh_pl.html|tytuł=Dyrektywa Habitatowa na www.eko.org.pl|data dostępu =2010-02-07}}</ref>.:
* [[Załącznik 1]] - Zawiera typy siedlisk naturalnych ważnych dla miejscowych społeczności, których ochrona wymaga wyznaczenia obszarów szczególnie chronionych.
* [[Załącznik 2]] - Wymienia gatunki roślin i zwierząt będące przedmiotem zainteresowania Wspólnoty, których ochrona wymaga wyznaczenia specjalnych obszarów ochrony.
* [[Załącznik 3]] - Przedstawia kryteria wyboru obiektów kwalifikujących się do określenia jako obiekty będące przedmiotem zainteresowania Wspólnoty i wyznaczenia jako specjalne obszary ochrony
* [[Załącznik 4]] - Wymienia gatunki roślin i zwierząt będących przedmiotem zainteresowania Wspólnoty, które wymagają ścisłej ochrony.
* [[Załącznik 5]] - Wymienia gatunki roślin i zwierząt będących przedmiotem zainteresowania Wspólnoty, których pozyskiwanie ze stanu dzikiego i eksploatacja mogą podlegać działaniom w zakresie zarządzania.
* [[Załącznik 6]] - Przedstawia zabronione metody i środki odławiania i zabijania oraz środki transportu.
