Sytuacja oblężonego Stawiszcza, pozostawionego same sobie, bez szans na odsiecz kozacką, stawała się dramatyczna. Wzmocnione oddziały [[Stefan Czarniecki|Stefana Czarnieckiego]] dokoywałydokonywały brutalnych pacyfikacji całej Ukrainy, do końca sierpnia 1664 zostało wymordowanych ponad 100 tys. chłopów ukraińskich i kozaków. Rebelia kozacka zaczęła dogorywać. Brak żywności, i szans na jakąkolwiek odsiecz zmusiło obrońców Stawiszcza do negocjacji. 7 października buntownicy złożyli broń i zaprzysięgli lojalność polskiemu królowi. Dowódców kozackich oddziały polskie wycięły, resztkeresztkę mieszkańców natomiast po zebraniu odszkodowania pieniężnego, oddziały Czarnieckiego pozostawiły przy życiu. Ponadto, mieszkańcy Stawiszcza mieli odtąd kwaterować i utrzymywać u siebie dwa pułki koronnego wojska, a sam Czarniecki nakazał zabranie z miasta dzwonów tamtejszej cerkwiicerkwi - jako kara za to, że "wzywały pospólstwo do walki z Polakami".
'''Kolejna styczniowa rebelia'''
Jednakże kilkaKilka miesięcy potempóźniej, zbuntowane Stawiszcze po raz kolejne wznieciło rebelię. Kozacy wybili stacjonującą w mieście niewielką polską załogę, na skutek czego [[Stefan Czarniecki]] postanowił raz na zawsze rozprawić się z niedającyminie dającymi się ujarzmić Stawiszczanami. Dywizja wysłana przez Czarnieckiego zdobyła miasto, paląc i niszcząc je następnie całkowicie a wszystkich mieszkańców wymordowano. Po ówczesnym mieście Stawiszcze pozostały już tylko płonące zgliszcza.
Sam Czarniecki podczas tego szturmu na Stawiszcze został ranny. Na skutek tej właśnie rany i komplikacji związanych z jej leczeniem hetman Czarniecki zmarł 15 lutego 1665 roku.
